Между братством, получившим такие права, и между епископом Гедеоном, ревнивым к своей власти, тотчас же начались столкновения; дело дошло до константинопольского патриарха Иеремии, тот взял сторону братства и в ноябре 1587 года писал Гедеону: «Мы судили, истинно испытали и нашли в тебе убийцу и ненавистника добру; не смей ничего говорить против Львовского братства, на котором бог почивает и славится, и если услышим, что ты возбраняешь дела благия, то будешь отлучен, а потом и другому церковному наказанию подвергнешься». Это грозное послание понудило Гедеона стать на точку зрения Скарги, убедиться, как вредно вмешательство мирян в дела церковные, убедиться, что уния с господствующею церковию освободит владык от унижения мирской цензуры; он сблизился с католическим львовским епископом и в 1588 году изъявил ему желание принять унию.
В таком состоянии находилась западнорусская церковь, когда в 1589 году посетил ее константинопольский патриарх Иеремия, возвращавшийся из Москвы. Мирские люди не замедлили подать ему сильные жалобы на церковные беспорядки, виною которых были епископы порочные и нерадивые. К числу последних принадлежал главный пастырь, митрополит киевский, Онисифор Девочка, к которому в 1585 году православные галицкие дворяне прислали с сейма следующую любопытную грамоту: «Великому несчастью своему приписать должны мы то, что во время вашего пастырства все мы страшно утеснены, плачем и скитаемся, как овцы, пастыря неимущие. Хотя вашу милость старшим своим имеем, однако ваша милость не заботитесь о том, чтоб словесных овец своих от губительных волков оборонять, нисколько не заботитесь о благочестии. С жалобою на великие несправедливости, нам сделанные, мы приехали на сейм в Варшаву, в надежде на ваше обещание явиться туда же, чтоб вместе бить челом королю, защищать права и вольности закона нашего греческого. Но ваша милость не хотите исполнять своих обязанностей, не хотите быть деятельным при таких великих бедах, больше которых не было и не будет. Во время вашего пастырства вдоволь всякого зла в законе нашем сталось, насилия святыни, замыканье св. таин, запечатание церквей святых, запрещение звонить, выволакивание от престола из церквей божиих попов как злодеев, запрещение мирским людям молиться