Наряду с заметными позитивными явлениями в жизни этнических общностей на территории Советского Союза в 1920–1930-х годы (в частности, в сфере улучшениях материального положения граждан, их национально-культурного развития), в условиях Великой Отечественной войны проявились негативные составляющие сталинской национальной политики. Как следует из исследований последних десятилетий, в сфере национальных отношений, как и в самом обществе в целом, было далеко не всё так гладко, как это представляла советская историография. Многие из этнических общностей СССР (корейцы, финны, иранцы, карачаевцы, калмыки, чеченцы, ингуши, балкарцы, крымские татары, немцы, греки, частично русские, кабардинцы, болгары, армяне, поляки и другие) по разным причинам накануне и в ходе войны были принудительно переселены в Сибирь, в Казахскую ССР и республики Средней Азии. Они оставались на спецпоселении и после войны – вплоть до ликвидации системы ГУЛАГа во второй половине 1950-х годов. Тем не менее, определенная часть представителей репрессированных народов принимала активное участие в защите Советского Союза от фашистских захватчиков, а также работала на трудовом фронте («трудармии»).
В современной историографии проблема национальной политики государства рассматривается более объективно и всесторонне, с учетом того, что в ней – даже несмотря на условия военного времени – были допущена ошибки и просчеты. Большинство современных исследователей расценивают принудительные переселения как антигуманные акции, которые невозможно оправдать условиями военного времени.
Формальным поводом для депортаций послужили обвинения в «предательском» поведении отдельных народов, оказавших поддержку захватчикам в период оккупации региона их проживания, а также создававших бандформирования, нападавшие на советские войска. Отдельные авторы связывают принудительное переселение тюрко-язычных мусульман с внешнеполитическим фактором – угрозой создания антисоветского исламского блока под эгидой Турции. Большая историография посвящена принудительному переселению накануне и в начале войны «в превентивных целях» более 1 млн. советских немцев. Большинство из них затем добросовестно работали в «трудармиях», внеся значительный вклад в Победу.
Одной из наиболее активно разрабатываемых в современной историографии тем является история Русской православной церкви, других конфессий СССР, а также религиозной политики советского государства в годы войны. Труды советских исследователей по этой теме до середины 1980-х годов, как правило, носили обзорный характер, для них было свойственно негативное отношение к религии.
В условиях