Продвижение войск противника вглубь территории страны нарушило систему базирования Балтийского флота и резко сократило его возможности. Флоту пришлось действовать на нескольких разобщенных направлениях в условиях господства авиации противника и постоянно наращиваемой минной опасности. Обороняя передовые базы и проводя активные боевые действия на морских сообщениях в Балтийском море, флот был вынужден оставить базы в Прибалтике и перейти в Кронштадт и Ленинград. В исключительно сложной обстановке и с большими потерями в конце августа 1941 года была проведена операция по прорыву сил Балтийского флота из Таллина в Кронштадт.
Флот, уходящий из Таллина, включал в себя боевые корабли и множество судов гражданского назначения, наскоро приспособленных под военные транспорты. Корабли и суда резко различались скоростью хода, маневренными возможностями, вооружением, степенью противоминной защиты, что сказалось практически сразу по выходе в открытое море. В голове караванов шли тральщики, за ними – транспорты, переполненные бойцами таллинского гарнизона, беженцами и техникой, и последними – боевые корабли, прикрывавшие отход. Высший командный состав КБФ шел в основном на крейсере «Киров». За крейсером шла подводная лодка С-5, за ней – С-4, «Лембит», «Калев», далее следовали «Щуки» и «Малютки». Капитан 1-го ранга Н. П. Египко находился на подводной лодке С-5. При форсировании вражеского минного поля лодка подорвалась на мине и затонула. Находившийся на мостике Египко был сброшен в море и подобран одним из катеров.
После Таллинского прорыва капитан 1-го ранга Египко был откомандирован в аппарат военного атташе при посольстве СССР в Великобритании для обеспечения перехода конвоев из портов Англии в северные порты СССР. При проводке конвоя PQ-17 в июне-июле 1942 года Николай Павлович находился на борту линкора «Герцог Йоркский» и всячески пытался убедить английское командование в необходимости продолжать оборону конвоя.
Участие в планировании боевых операций дало будущему начальнику училища бесценный опыт в организации взаимодействия английского и советского флотов.
В феврале 1943 года капитан 1-го ранга Египко был назначен начальником отдела внешних сношений Разведывательного управления Главного морского штаба Наркомата ВМФ СССР.
В марте 1955 года Николай Павлович Египко возглавил Первое высшее военно-морское училище подводного плавания, а в июле 1959 года – ВВМУ подводного плавания имени Ленинского комсомола. 22 февраля 1963 года постановлением Совета Министров СССР Н. П. Египко