На этом фоне была произведена радикальная церковная реформа, которую некоторые исследователи склонны считать единственным по-настоящему революционным преобразованием царя-реформатора. После смерти патриарха Адриана Петр решил вовсе упразднить патриаршество на Руси и поставить церковь на службу государству. Главой церкви становился царь, а управление духовными делами вверялось вновь созданной духовной коллегии – Святейшему Синоду.
Духовенство, как и все иные сословия, должно было служить государству, то есть работать на достижение «общего блага». Поэтому упразднялась тайна исповеди. Священник обязан был сообщать властям о ставших ему известными воровских делах и злых умыслах паствы.
Были введены жесткие штаты священников и монахов. Значительная часть духовенства была записана в податной оклад. Петр считал монастырь рассадником разврата и тунеядства. Часть монастырей была закрыта и превращена в госпитали для инвалидов. Монастырь утратил свою былую роль духовного убежища для православного человека.
В Россию хлынул мутный поток западнорусского украинского духовенства, быстро захватившего командные высоты в церковной иерархии. Ярчайшим представителем их был любимец Петра, автор трактата «Правда воли монаршей» и не менее знаменитого «Духовного регламента» Феофан Прокопович.
Местоблюстителем патриаршего престола после смерти патриарха Адриана в 1700 году стал еще один малоросс и откровенный униат, львовский шляхтич и воспитанник иезуитов Стефан Яворский. Он привлек на русские кафедры своих ставленников Дмитрия Ростовского (Туптало), Феодосия Яновского. Петру понравилась светская развязность этого польского шляхтича и он поставил его во главе только что созданной Александро-Невской лавры.
Дворянство петровских времен не производило впечатления господствующего класса. Указ 23 марта 1714 года о единонаследии окончательно приравнял поместье к вотчине и запрещал дробить «недвижимое имение» между детьми помещика. Кроме одного из сыновей, все дворянские отпрыски должны были искать себе пропитание на службе. Отцу запрещалось поддерживать их не только наследством, но даже и деньгами от продажи оного. Это была принудительная норма, как и то, что дворянскому юноше воспрещалась женитьба до завершения обучения. Он обязан был являться на смотры и служить практически пожизненно под страхом лишения дворянского звания и даже телесного наказания.
Дворовое холопство, имевшее тысячелетнюю историю, упразднялось и обращалось в податное крестьянское сословие. Мелкие категории крестьянства (однодворцы, черносошные крестьяне Севера, инородцы Поволжья, пашенные крестьяне Сибири и др.) объединялись в одну группу под