Во время избирательной кампании в 3‐ю Государственную думу Водовозов намечался петербургским кандидатом Трудовой группы, но ввиду опасений, что он не будет допущен к выборам, совещание народных социалистов и трудовиков решило снять его кандидатуру50. В новую Думу, открывшуюся в ноябре 1907 г., вследствие ужесточения избирательного законодательства трудовики смогли провести лишь 14 депутатов: численность фракции сократилась более чем в шесть раз. «Начался для нас период бледный и вялый, – сетовал Водовозов. – Мы были слабы в Думе, у нас не было крупных талантов, и большого влияния на Государственную думу мы не могли иметь»51. В мае 1909 г. Водовозов сделал попытку уйти на педагогическую работу, подав прошение попечителю Кавказского учебного округа об утверждении «в звании преподавателя» с программой лекций по курсам «новой истории и русской истории до Петра Великого», которые он намеревался читать на Высших женских курсах в Тифлисе52. Получив, видимо, отказ из‐за политической «неблагонадежности», Водовозов снова уехал за границу – в Константинополь, где в результате младотурецкой революции был низложен султан Абдул-Хамид II и введена конституция, о чем писал для газеты «Русское слово»53, и его статьи в «Турецком сборнике»54 оценивались как «наиболее содержательные»55.
Вернувшись в Петербург, где в связи с довыборами в Государственную думу шли избирательные собрания, Водовозов по обыкновению резко нападал на кадетов, упрекая Милюкова, ездившего в составе парламентской делегации в Лондон, за его заявление, что в России есть «конституция и ограниченная монархия»56. Хотя в пылу агитационной полемики Водовозов отзывался о лидере кадетов весьма нелицеприятно, он признавался, что если бы кто-нибудь взялся за «большую характеристику Милюкова как