Но лучше всего опровергается обвинение в гордости Никона теми сторонами его жизни, в которых благодать Св. Духа, несовместимая с гордостью, проявлялась в нем не только чрез подвиги и любовь, а непосредственно и прежде всего как особая печать Божественного избранничества. Она отмечалась людьми. Передают, что Никон, еще будучи юношей, предаваясь иноческим подвигам в монастыре св. Макария Желтоводского, был под духовным руководством одного благочестивого иерея Анании (в иночестве Антония). Последний предрек Никону патриаршество. То же самое предрек ему один мордвин, воскликнув: «Ты будешь царь или патриарх». О том же получил он предсказание от Новгородского митрополита Аффония, исполненного святости и благодати, когда был посвящен им в игумена Кожеезерской обители.
Эта благодать Божественного Духа дивно хранила Никона с самых младенческих лет. Он был малым ребенком, когда мачеха, видя, что он уснул в печке, заложила ее дровами, и запалила их, желая сжечь ненавистного Никиту (так звали Никона в миру). Но посторонняя женщина, посланная Богом, услышав крик младенца, вовремя выхватила его из пламени невредимым и тем спасла ему жизнь. Дивный промысел Божий сохранил Никона от потопления на Белом море, близ Соловецкой обители, пред Онежским устьем. Приставши на своей утлой ладье к острову Кию, он водрузил крест на нем в память своего спасения от потопления. Впоследствии, будучи патриархом, он построил на о. Кие Крестный монастырь. Та же промыслительная десница Божия спасла его от смерти в 1650 году во время новгородского бунта, когда Никона, уже бывшего в сане Новгородского митрополита, до такой степени избили камнями и дубьем за укрывательство в архиерейском доме новгородского воеводы князя Хилкова от озверевшей толпы бунтарей, что у него хлынула изо рта, носа и ушей кровь и все считали его уже умершим. Но Господь даровал ему прежнее здравие и силу.
Благодать Св. Духа проявлялась в Никоне и как дар прозорливости.