Огромный отпечаток на последующую историю Австрии наложила экспансия Османской империи в Центральной Европе. Разбив венгров, султан Сулейман в 1529 г. приступил к осаде Вены, однако не добился успеха. В борьбе с турками Габсбурги добились фактического подчинения Венгрии, хотя формально (до 1687 г.) король этой страны продолжал избираться высшим дворянством. Вторая осада Вены (1683 г.), завершившаяся разгромом турецких войск, открыла эпоху национально-освободительных войн народов, находившихся под владычеством Османской империи. Вслед за уходившими турками на Балканы продвигалась австрийская армия, считавшаяся одной из лучших в Европе. В 1690 г. под руководством принца Евгения Савойского она освободила столицу Сербии Белград. Для отражения набегов янычар на отвоеванных землях селились колонисты, призванные защищать «военную границу».
Реформация в Австрии привела к повсеместному брожению умов, однако не оставила после себя сколько-нибудь заметных следов. Габсбурги отдавали себе отчет в том, что только мировая религия сможет цементировать их владения, разбросанные по всей Европе. Наряду с землями, где преобладало немецкое население (Верхняя и Нижняя Австрия, Тироль, Штирия и Каринтия), в них входили земли южных славян (Крайна, Истрия, Далмация), территории Венгерского и Чешского королевства.
Идеи нового прочтения Библии находили приверженцев там, где проживало негерманское население, ибо позволяли таким образом выразить протест против национального гнета. Конфликт имперских чиновников и местных старейшин в Чехии привел к развязыванию Тридцатилетней войны, опустошившей большую часть континента. Вестфальский мир (1648 г.) не поставил под сомнение право Габсбургов на ношение императорской короны, но реформировал саму Священную Римскую империю. Ее составные части получили значительную самостоятельность, а верховная власть стала номинальной.
В самой Австрии усилила свои позиции католическая церковь, орден иезуитов при поддержке монаршей власти начал масштабные преследования протестантов.
Земли дворян, присоединившихся к антигабсбургской коалиции, передавались монастырям, крестьян, не желавших возвращаться в лоно «истинной церкви», отдавали в солдаты. Десятки тысяч протестантов бежали из страны в Пруссию, отличавшуюся веротерпимостью.
Эпоха контрреформации принесла с собой первые попытки унификации административной системы во владениях Габсбургов. До того времени она «представляла собой конгломерат различных государственных образований, объединенных личной унией» (В.Н. Малов). Императору приходилось считаться не только с мнением высшей аристократии германских земель, но и сословных учреждений в собственной вотчине (Kronländer). Последние сохраняли за собой право вотирования налогов и набора на воинскую службу. Надежной опорой трона выступало только низшее дворянство, не имевшее властных амбиций и составлявшее основу офицерского корпуса австрийской армии.