Штамм Омикрон (B.1.1.529). 26 ноября 2021 г. Техническая консультативная группа по эволюции вируса SARS-CoV-2 (TAG-VE) сообщила ВОЗ, что штамм B.1.1.529 должен быть обозначен как VOC. Ему дали имя Омикрон. Решение обозначить его как VОС было основано на доказательствах, представленных на TAG-VE, о том, что Омикрон имеет несколько мутаций (в том числе 26—32 в шиповидном белке), которые могут повысить его трансмиссивность и/или обеспечить некоторую степень ускользания от иммунитета. Штамм B.1.1.529 впервые был зарегистрирован в ВОЗ 24 ноября 2021 г. из Южной Африки, а первый известный лабораторно подтвержденный случай был выявлен в образце, взятом 9 ноября 2021 г. (Еженедельный эпидемиологический бюллетень COVID-19 (выпуск 68), опубликовано 30 ноября 2021 г.)
Когортный анализ, проведенный Агентством по безопасности здравоохранения Великобритании [814], оценил вероятность внутренней передачи для индексных случаев штамма Омикрон по сравнению с индексными случаями штамма Дельта. Анализ включал 72 761 показательный случай Delta и 121 случай Omicron в жилых домохозяйствах с датой сбора образцов в период с 15 по 28 ноября 2021 года. Бытовая передача была определена как один (первый) показательный случай, за которым следует один или несколько лабораторно подтвержденных случаев SARS-CoV-2 в одном и том же частном домохозяйстве в течение 14 дней (минимум 7 дней наблюдения). Модель многомерной логистической регрессии показала, что скорректированное отношение шансов для передачи в домохозяйстве от случая с индексной инфекцией Омикрон составило 3,2 по сравнению со случаями с индексной инфекцией Дельта.
Предварительные испытания показали, что сыворотки, полученные от вакцинированных и ранее инфицированных лиц, обладают более низкой нейтрализующей активностью в отношении Омикрона, чем любые другие циркулирующие VОС SARS-CoV-2 и его предкового варианта. (Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19. Выпуск 70, опубликовано 14 декабря 2021 г.)
Хотя нейтрализующая активность специфических антител, по-видимому, снижена по сравнению с Омикроном, предварительные исследования показывают, что ответы Т-клеток CD8+ могут по-прежнему сохранять способность распознавать Омикрон. [815]
Подштамм Omicron XBB.1.5 (называемый в СМИ «Kraken»)
Подштамм Omicron XBB.1.5 представляет собой рекомбинант сублинии BA.2.10.1 и BA.2.75, о котором впервые было сообщено 13 августа 2022 г., с мутацией F486P в шиповом белке, повышающей инфекционность из-за повышенной аффинности связывания с рецептором ACE2. За неделю, закончившуюся 21 января 2023 г., подштамм XBB.1.5 стал причиной 49,1% случаев COVID-19 в США. Быстрое увеличение распространенности этого подштамма может быть объяснено иммунным уходом от предыдущих инфекций или вакцин, спайковыми мутациями в F486P и повышенной аффинностью к рецептору ACE2. Кроме того, современные бустерные вакцины могут не обеспечивать адекватной защиты от заражения этим подштаммом. [795]
С 22 октября 2022 г. по 23 января 2023 г. сообщалось о 8931 последовательности