25 июня 1941 года немцы намеревались продолжить наступление, но генерал Микушев их упредил. На рассвете после артподготовки, контратаковали 139-й полк и батальон из 244-го стрелкового полка. Было уничтожено более 3 батальонов пехоты противника, захвачено 8 противотанковых орудий. Нестандартный ход комдива принес свой результат. Однако к концу дня была потеряна связь со штабом армии. Что самое плохое, соседняя 97-я стрелковая дивизия потерпела поражение и разрозненно отходила на Восток. Положение становилось критическим, несмотря на грамотную и героическую оборону (активную) воинов 41-й стрелковой дивизии.
26 июня 1941 года дивизия продолжала вести оборонительные бои совместно с пограничниками. Но обстановка была критической, помимо большого фронта теперь еще были открыты и фланги. Окружение становилось практически неизбежным. Заместитель командира дивизии полковник Шалимов был отправлен на поиски штаба армии (6-я генерал-лейтенанта Музыченко). 27 июня начали отход. Далее с боями шли на Восток. Лишь 2 июля удалось оторваться от противника и занять оборонительные рубежи.
Генерал-майор Микушев со своим соединением вечером 12 июля 1941 года подошел к Белой Церкви. 41-я стрелковая дивизия несмотря тяжелейшие бои и выход из окружения, сохранила боеспособность. В соединении около 3 тысяч человек, более 20 орудий различных калибров, автотранспорт. Примерно треть от того что было 22 июня 1941 года.
16 июля 1941 года противник своими моторизованными и танковыми частями нанес мощный удар на Белую Церковь. 17 и 18 числа идут тяжелейшие бои, город три раза переходил из руки в руки. Дивизия получала пополнение, маршевые роты прибывали, это правда. Но, из ее состава был выведен 102-й стрелковый полк. 19 июля 1941 года дивизия переходит на оборонительный рубеж в район Ржищева. Здесь ведут трехдневные тяжелые бои на берегу Днепра. Далее дивизия используется для контрудара под Киевом, где выбивают с плацдарма уже переправившихся немцев.
24 июля 1941 года атакуют Белую Церковь, но после контратаки противника, отступают. С 26 июля обороняются на рубеже Кантемировка – Гороховатка – Ставы. Со 2 августа отходят к Днепру, после чего 14 августа отводятся в резерв. Но передышка была недолгой. Обстановка в районе Киева была критической. На базе войск находящихся в указанном районе, создается 37-я армия (генерал-майор Власов). Остатки 41-й дивизии были также включены в новое соединение. Автотранспортом Микушев со своими бойцами перебрасывается на 120 километров