Главным средством политического сыска были доносы. Современник опричных событий немец А. Шлихтинг с удивлением отмечал: «Именно московитам врождено какое-то зложелательство, в силу которого у них вошло в обычаи взаимно обвинять и клеветать друг на друга перед тираном и пылать ненавистью один к другому, так что они убивают себя взаимной клеветой».
Доносы совершенно не проверялись, тем более что опричники сами прибегали к заведомо ложным обвинениям. Так, Малюта Скуратов и Василий Грязной заявили прибывшему в Александровскую слободу двоюродному брату царя Владимиру Старицкому, что его повар сознался в намерении подсыпать яд Ивану Грозному по приказу князя. Владимира Старицкого заставили выпить чашу с отравленным вином. Главу Русской православной церкви митрополита Филиппа, который заступался за невинно осужденных, обвинили в различных пороках, причем свидетелем обвинения выступал бывший ученик митрополита, которому за ложные показания обещали епископский сан. Митрополит был заточен в один из монастырей. Через некоторое время туда прибыл Малюта Скуратов и, выйдя из кельи митрополита, сообщил потрясенным монахам, что Филипп внезапно задохнулся от спертого воздуха. Убийства удельного князя и митрополита сопровождались казнями нескольких сотен представителей знати, каждый из которых в свою очередь сознавался в «измене» и называл имена «сообщников».
Под подозрение попадали целые семьи, роды и, наконец, целые города. Наиболее ярким примером был разгром Новгорода зимой 1570 г. Новгородская летопись утверждает, что некий бродяга Петр подделал грамоту о желании жителей города перейти в подданство к польскому королю. Бродяга спрятал эту грамоту в Софийском соборе и донес о ней Ивану Грозному. Некоторые историки, ссылаясь на архивы, считают, что тайная дипломатия Речи Посполитой намеренно скомпрометировала новгородцев, направив им предложение перейти на польскую сторону. Должностные лица Новгорода поспешили сообщить об этом царю, но лишь разбудили давнее недоверие Ивана Грозного к некогда независимой городской республике.
Так или иначе, но опричное ведомство попалось на чужую удочку. Вместо того чтобы вести войну, опричники в течение трех недель занимались розыском в Новгороде. Замученных горожан волокли из опричного лагеря к реке и спускали под лед. Очевидцы утверждали, что в Новгороде погибло до 60 тыс. человек. В русской историографии назывались различные цифры – от 2–3 тыс. до 10–15 тыс. человек. Во всяком случае, разгром Новгорода был достойным предшественником Варфоломеевской ночи.
Скоро опричники на собственном опыте убедились, как трудно оправдаться от ложных доносов. «Келарь» А.И. Вяземский пользовался таким доверием Ивана Грозного, что царь, опасаясь отравы, только из его рук соглашался принимать лечебные снадобья. Но опричник Г.Д. Ловчиков донес, что Вяземский предупредил новгородцев