Во второй половине 1990-х гг. ряд российский некоммерческих организаций не только действовали независимо от властных структур, но и сами оказывали влияние на их развитие – прежде всего путем разработки и (иногда) внедрения новых, более современных направлений в правовой системе и в социальной политике. Примером могут служить инициативы по развитию ювенальной юстиции и восстановительного правосудия в целом (Общественный центр «Судебно-правовая реформа»), разработка программ предотвращения коррупции («Траспаренси-Интернешнл – Россия», фонд ИН ДЕМ), а также деятельность по развитию института Уполномоченного по правам человека в субъектах РФ (СПб гуманитарно-политологический центр «Стратегия»).
В этот период, наряду с ориентированными на либеральные ценности и на западные фонды (за неимением иных) НКО, стали возникать и НКО других типов – изначально ориентированные на содействие власти, а иногда и созданные по инициативе самой власти. Однако чаще власть вспоминала о существующих еще с советских времен организациях и начинала материально поддерживать всегда послушные ей организации, такие как Федерация мира и согласия, ряд женских организаций, различные ветеранские организации и т. д. В западных странах подобные организации получили название GANGO – government administrated NGO – «управляемые властью НКО».
Следует отметить, что, наряду с подобными организациями, вблизи властных структур возникали и другие НКО, инициаторами создания которых часто были бывшие комсомольские работники, изначально мыслящие свою общественную деятельность в тесной связке с властными структурами. Примером такой инициативы может служить создание в 1997–1998 гг. двух организаций – НКО «Независимая ассоциация в поддержку развития гражданского общества» и Национальный фонд «Общественное признание», – а также общественно-политического журнала