Не лучше было положение и тех, кто покинул каравеллу на шлюпке. Люди сидели в перегруженной шлюпке, плотно прижатые друг к другу, не имея возможности даже пошевелиться. Капитан утратил свою руководящую роль и командование взял на себя рыцарь Бернарди де Карвальго. Видя, что остальных охватила паника, а офицеры ненадежны, он также потерял способность хладнокровно оценивать обстановку. Как писал Диего де Коуто, который сам был на шлюпке, «в подобных ситуациях моряки и военные ведут себя как варвары и не обращают внимания ни на что и ни на кого, а также что за свое поведение, грубость и жестокость они, в случае спасения, никогда не будут наказаны».
Шлюпка была перегружена – ее борт едва возвышался над водой, поэтому любая, даже самая малая волна, добавляла воды в шлюпку, которая еще больше оседала. Побережье Африки, которое еще вечером 16 марта было видно на горизонте, с рассветом исчезло из виду, поскольку течением шлюпку отнесло еще дальше от берега. Находившиеся в ней люди понимали, что если погода не ухудшится, то они в конце концов доберутся до берега, но при ухудшении погоды, что в это время года было весьма вероятным, их перегруженный «ковчег» неизбежно пойдет на дно вместе со своими пассажирами. Диего де Коуто так описывает последующие события: «С учетом ситуации, офицеры решили, что лодку следует облегчить любой ценой. Их предложение бросить в воду нескольких пассажиров было принято. Офицеры выбрали шестерых несчастных, которые ни о чем не догадывались, схватили и бросили за борт. Их сразу же поглотило море, никто не вынырнул на поверхность».
К вечеру того же дня (17 марта) спасательную шлюпку течением вновь поднесло к каравелле, которая все еще находилась на плаву, переполненная сотнями обезумевших людей, уже ничего не предпринимавших для своего спасения. Единственное, что они были в состоянии делать, так это молиться и взывать к Деве Марии. Увидев приближающуюся шлюпку, они, стоя на коленях, протягивали к ней руки с мольбами о помощи, но спасать их никто не собирался. Подошедшие на шлюпке моряки вскарабкались на палубу судна, захватили несколько бочонков воды и сухарей, побросали их в шлюпку и спустились в нее, даже не думая кого-либо спасать. В итоге такой погрузки шлюпка снова оказалась перегруженной. Тогда офицеры снова выбрали несколько ни о чем не подозревающих жертв и выбросили их в море. Затем подняли на шлюпке паруса и попытались достичь суши. Однако смогли это сделать только 22 марта, поскольку встречное сильное течение уменьшало скорость движения. Каравелла затонула 17 марта вместе с сотнями людей, находившихся на ее борту.
Шлюпка с потерпевшими катастрофу людьми подошла к побережью нынешнего Мозамбика. После обсуждения дальнейших действий было решено идти вдоль берега к форту