В 2000 году спорадические вспышки межобщинного насилия и столкновения на религиозной почве между христианами и мусульманами уносили жизни многих сотен людей. Большая часть таких конфликтов была связана с активизацией деятельности шариатских судов в северных и восточных штатах страны и их стремлением к расширению своей юрисдикции (в Кадуне, Гомбе, Нигере и других штатах).
Правительство страны предпринимало немало усилий для нормализации положения в сфере защиты прав человека. Еще в апреле 2000 года Верховный суд Нигерии постановил, что положения Африканской хартии прав человека и соответствующих международных договоров являются приоритетными для национального законодательства. Однако в ряде регионов возглавляемые клерикалами местные власти игнорировали эти усилия. Более того, в северных штатах страны были приняты новые законы, закреплявшие жестокие и унижающие человеческое достоинство публичные телесные наказания. Преследуемые в этих штатах правозащитные организации сообщали о фактах ампутации конечностей и публичной порки за такие правонарушения, как курение марихуаны, азартные игры, внебрачные половые связи или, например, поездку женщины на заднем сиденье мототакси.
Центральные власти не смогли признать такого рода законы противоречащими Конституции и лишь рекомендовали жителям северных штатов обжаловать решения шариатских судов в высших судебных органах вплоть до Верховного суда страны. Между тем вынесенные приговоры, как правило, приводились в исполнение немедленно после их оглашения; кроме того, обвиняемые фактически не имели ни адвокатов, ни возможности обращения с апелляцией.
В 2000 году в связи с призывом ООН к мораторию на исполнение смертных приговоров и отмене смертной казни в Нигерии впервые за долгие годы не было ни одного смертного приговора и ни одной казни. В январе по случаю Миллениума президент страны объявил об амнистии всех смертников, на основании которой осужденные к смертной казни, содержавшиеся в тюрьмах в течение 20 и более лет, подлежали освобождению, а тем, кто находился в ожидании казни менее указанного срока, смертная казнь заменялась пожизненным заключением. На этом фоне диссонансом звучало одновременно внесенное правительством страны предложение восстановить смертную казнь за саботаж и повреждение трубопроводных сетей.
К концу 2001 года население Нигерии выросло почти до 120 млн человек. В стране продолжались межобщинные и религиозные столкновения, уносящие жизнь многих людей