Услышав эти слова, четверо воинов выскользнули из королевских покоев и незамедлительно отплыли в Англию. 29 декабря 1170 г. они нашли Бекета в его дворце и потребовали, чтобы он подчинился власти короля и отменил акт отлучения от церкви. Бекет отказался; началась перепалка, но архиепископ удалился в собор, где должен был служить вечерню. Рыцари последовали за ним и попытались арестовать его, но он оказал сопротивление, и тогда один из них ударом меча снес ему верх головы. Накинувшись на поверженного Бекета, убийцы нанесли ему несколько ударов мечом и бросили умирать в луже крови на ступенях, ведущих к алтарю. Затем они бежали из страны, сначала в Рим, а затем в Святую землю – в «покаянный крестовый поход», поскольку для покаяния были несомненные основания.
Узнав об убийстве Бекета, вся Европа содрогнулась. Генрих мог утверждать, что он намеревался только арестовать Бекета, но его слова, повлекшие за собой убийство, слышали слишком многие, чтобы их можно было подвергнуть сомнению. В храме Господнем был убит архиепископ, причем убит явно по приказу короля. Реакция на это событие как нельзя нагляднее продемонстрировала, насколько велика была власть церкви в Средние века. На голову Генриха обрушился ад. По мнению архиепископа Санса, преступление Генриха было более тяжким, чем все преступления Нерона, и даже более тяжким, чем преступление Иуды. Король три дня был в глубоком трауре и, капитулируя перед властью папы римского, признал, что прерогативы короля не распространяются на суд церкви. Затем он выделил землю для строительства новых монастырей и получил от папы разрешение объявить монастыри в Сент-Дейвидсе и на острове Бардсли местами паломничества, что в дальнейшем пошло на пользу валлийскому туризму. Тогда же он подвергся епитимье в Кентербери. Босым Генрих пришел к дверям усыпальницы Бекета, где разделся и подвергся унизительному бичеванию, а потом целую ночь провел в храме, моля о прощении.
Хотя Генриху предстояло царствовать еще восемнадцать лет, кризис 1170 г. изменил баланс сил в королевстве.