В период наивысшего расцвета в состав империи входили Германия, Северная и Средняя Италия, Швейцария, Бургундское королевство, Нидерланды, Бельгия, Чехия, Силезия, Эльзас и Лотарингия. Формально она состояла из трех королевств: Германии, Италии и Бургундии. Процессы становления единого государства в империи за всю историю ее существования так и не были завершены, и она оставалась децентрализованным образованием со сложной феодальной иерархической структурой, объединявшей несколько сотен территориально-государственных образований. Во главе империи стоял император. Императорский титул не был наследственным, а присваивался по итогам избрания коллегией курфюрстов. Власть императора никогда не была абсолютной и ограничивалась высшей аристократией Германии, а с конца XV века – рейхстагом, представлявшим интересы основных сословий империи.
В ранний период своего существования империя имела характер феодально-теократического государства, а императоры претендовали на высшую власть в западном христианском мире. Усиление папского престола и многовековая борьба за обладание Италией при одновременном росте могущества территориальных князей в Германии значительно ослабили центральную власть в империи. В период позднего средневековья возобладали тенденции дезинтеграции, угрожающие превратить Священную Римскую империю в конгломерат полунезависимых образований. Однако осуществленная в конце XV – начале XVI века «имперская реформа» позволила укрепить единство страны и сформировать новый баланс власти между императором и сословиями, позволивший империи относительно успешно конкурировать с национальными государствами Западной Европы. Кризис Реформации и Тридцатилетней войны был преодолен ценой дальнейшего ограничения власти императора и превращением общесословного