С началом перестройки сильную общественную тревогу вызвало раскрытие в ходе строительных работ белокаменных опор Кузнецкого моста (архитектор Ухтомский) в 1987 г. и Воскресенских ворот на Красной площади в 1988 г., произведённые без организации археологических исследований. Острый конфликт, возникший между строителями и заинтересованной общественностью, привлёк внимание прессы и всего города. Для организации охранных археологических исследований, как говорили тогда, в составе Института археологии Российской академии наук была создана Московская археологическая экспедиция. Исполкомом Моссовета (преемником которого является Правительство Москвы) были приняты постановления о сохранении археологического наследия, для чего было создано специальное археологическое подразделение – Центр археологических исследований, руководимый главным археологом Москвы А.Г. Векслером. Организованные правительством Москвы в 1993–1995 гг. раскопки на Манежной площади, где было исследовано более 30 тыс. кв.м, дали выдающиеся результаты. Институт археологии Российской академии наук и Музей Московского Кремля в 2007 г. впервые за многие годы провели полномасштабные раскопки в Тайницком саду Московского Кремля на площади более 800 кв.м.
Таким образом, мы видим, что основные археологические открытия в Москве совершались в рамках крупных строительных или хозяйственных проектов. Действительно, любое поселение не может жить, не возводя новые здания, не поддерживая в исправном состоянии инженерные системы. Однако городам, имеющим многовековую историю, необходимо при этом заботиться и о сохранении археологических свидетельств прошлого. Поэтому вместе со строителями на объекты выходят и команды археологов. В законодательстве такие исследования, предваряющие строительство, именуются «спасательные археологические работы». Под словом «спасение» понимается прежде всего сохранение уникальной научной информации, находящейся в археологических артефактах и руинах. Без этих немых свидетелей история однобока и тенденциозна, а древние периоды вообще выпадают из сферы внимания.
С 2015 г. в Москве осуществляется уникальная программа «Моя улица». Масштабные работы по благоустройству улиц и реконструкции инженерных коммуникаций не могут не сопровождаться археологическими исследованиями. Цифры свидетельствуют: с 2015 по 2017 г. реконструированы или заменены 48 км газовых сетей, 82 км водопроводных сетей, 6 км водосточных сетей, более 7,5 км канализационных сетей. Работы по восстановлению канализационных сетей выполняются бестраншейным методом (протяжка полиэтиленового трубопровода с разрушением существующего с применением пневмоударных машин) по 43 адресам города.
Осенью 2020 года был завершён монтаж экспозиции «Музея археологии Чудова монастыря», созданной на основе археологических