Когда в 1595 году был заключен очередной «вечный» мир (Тильзитский) России со Швецией, Годунов в 1599 году пытается заиметь свои корабли на море, чтобы обеспечить равноценные условия для России в отношении морской торговли на Балтийском море. По его указанию русский ганзейский посланник купил в Любеке два корабля, которые были переведены в Нарву. Но из этой затеи ничего не получилось, попытка создать московский флот на Балтийском море снова не удалась.
Между тем король Польши Сигизмунд III уже летом 1594 года имел свой флот, построенный ему Данцигом (Святой Престол поставил ему задачу окатоличить не только всю свою державу, но водворить католицизм в Пруссии, Померании, Великороссии и Дании), который должен был мешать морской торговле протестантских купцов. Борьба за католичество выражалась, по сути, в борьбе за господство на Балтийском море. Швеция пыталась отмежеваться в этом от Сигизмунда. А тот на первых порах предполагал подчинить ее своей идее с помощью России. С этой целью он в 1600 году предложил Борису Годунову создать союзный «общий» флот России и Польши в Балтийском и Черном морях. Он предлагал Нарву и Ивангород иметь в общем владении. Даже предполагал разделить действия сторон в этом деле: король набирает экипажи судов, а царь поставляет необходимые материалы для постройки и снаряжения судов; содержание флота и обеспечение команд решать совместными усилиями.
Но Годунов отклонил такой союз, считая, что это всего лишь попытка поляков укрепить свой собственный флот за счет средств и сил России. После отказа Москвы испанский король прислал в распоряжение Сигизмунда 18 кораблей, чтобы этим флотом он от- резал всякое сообщение России и Швеции с Западом и захватил в свои руки всю Балтийскую торговлю.
Вряд ли можно считать серьезным морским делом то, что делал Годунов. Он не мог создать морской флот по той же причине, что в свое время и Новгород, – у него отсутствовала самостоятельная политика. Правительство Годунова в связи с непрочностью своей и несамостоятельностью оказалось глухим к требованиям времени и обстановки.
Морская идея в сознании Годунова выражалась довольно необычно. Он мечтал о своеобразной морской стране в России. Хотел сделать новую, великую и свободную страну, подальше от Москвы, независимую от других стран. Назвал он эту страну – Мангазея. В Северной Сибири, на реке Таза, Годунов приказал построить город Мангазею, который должен был служить центральным местом для торговых сношений севера европейской России с Западной и Восточной Сибирью. Еще при жизни царя Федора Ивановича, в 1598 году, Годунов отправил в устье Енисея Тобольского воеводу, прослышав, что туда ходят русские купцы морем, и приказал приготовить морские лодки для двух один за другим посланных отрядов в 100 и 200 человек, которые в 1601 году добрались до реки Таза и построили там острог. Оказалось, что «прежь сего приходили в Мангазею и Енисею (так называлась страна вниз по одноименной реке) многие торговые люди: