Научное мировоззрение, объективно нейтральное и поддающееся проверке опытом, вскоре завоевало полное признание в образованной среде. Наука оказалась более универсальной основой мировоззрения, чем религия, разная у различных народов. Догматическая религия с ее притязаниями на авторитет в культуре была признана заведомо враждебной личной свободе, интеллектуальной работе и духу свободного познания. Всякое религиозное сознание, за исключением некоторых рациональных форм, например, деизма, стало считаться врагом человеческой свободы.
В самых основах своих христианская вера в Бога, проявлявшего Свою волю через Откровение и благодать, казалась теперь предельно несовместимой с теми положениями об устройстве мира, которые диктовались здравым смыслом и наукой. Открытия Коперника и Галилея опровергали христианскую космологию. После Ч. Дарвина любое соприкосновение науки и богословия стало невозможным, поскольку наука все более целенаправленно и все более успешно изучала объективный мир, тогда как богословие, практически лишившись права голоса за пределами религиозных интеллектуальных кругов, мало-помалу сужающихся, всецело сосредоточилось на вопросах духовных. Западное христианство уже не претендовало на то, чтобы быть основой мировоззренческой парадигмы, и заняло более скромную роль – определять основы господствующей морали и нравственности.
Способность постигать миропорядок и обращать его к собственной выгоде заглушила прежнее чувство полной зависимости от Бога. Человек взял ответственность за свою земную жизнь. Он осознал, что может изменить мир силою своего ума и воли. Наука дала человеку новую веру – не только в познании мира, но и самого себя.
Стали множиться теории, объясняющие происхождение религии. Наиболее радикальные мыслители французского Просвещения все больше тяготели к атеизму и материализму, видя в них наибольшее интеллектуальное соответствие науке. XIX век доведет до логического завершения идеи Просвещения: Конт, Милль, Фейербах, Маркс, Геккель, Спенсер, Гексли и Ницше завершат эволюцию философских взглядов на религию. Бог будет сочтен плодом человеческого воображения. Единственной реальностью был объявлен видимый вещественный мир, которому принадлежит человек. Понятие Бога сводилось всего лишь к внешней проекции внутренней человеческой природы.
Умеренные либерально настроенные представители общества XIX века высказывались за ограничение влияния официальной религии на политическую и интеллектуальную жизнь, поддерживая идеал религиозного плюрализма. Вольнодумцы боролись за свободу выбирать религию и отправлять культ или не исповедовать никакой религии, обосновывая это естественными правами человека. Религиозная терпимость незаметно переходила в религиозное безразличие. К XX веку, когда миллионы людей спокойно покидали лоно унаследованной ими религии,