1378 году умер Аюширидара. В начавшейся борьбе за ханский престол китайский двор поддерживал его сына, который одно время находился в китайском плену и пользовался расположением и милостями двора. Однако победил другой претендент – Тогус Тэмур, младший брат умершего хана. Отношения сторон снова резко обострились. Монгольские войска вновь овладели Инчаном. Китайская же армия во главе с воспитанником императора My Ином, воспользовавшись концентрацией сил противника под Инчаном, в 1380 году нанесла удар по Каракоруму. Монгольская столица была взята и сожжена. Было перебито много мирных жителей, захвачена большая добыча. Несмотря на все усилия Тогус Тэмура, военная удача перешла на китайскую сторону. В 1381 году войска империи Мин под начальством Сюй Да и Фу Юдэ отвоевали Ордос – северную часть провинции Шэньси, заселенную тогда преимущественно монголами. В 1382 году My Ин сломил сопротивление монгольских отрядов, стоявших на южных рубежах страны – в провинции Юньнань. В 1387 году китайские войска отвоевали последний оплот монголов в Китае – Ляодун и вынудили обитавших здесь монголов-урянхайцев подчиниться минскому двору. Их глава Нагачу перешел на китайскую службу со своей 20‐тысячной армией. Наконец, в 1388 году у местечка Бойр-нора в районе Инчана китайская армия под командованием полководца Лань Юя полностью разгромила основные силы Тогус Тэмура. Сам хан, бежавший после поражения, был убит одним из своих приближенных. В плен попало около 2900 монгольских сановников, включая родичей ханского дома, а также 77 тысяч солдат и простых монголов-кочевников. Было захвачено также 150 тысяч голов скота.
Вслед за Тогус Тэмуром государством Северная Юань правили друг за другом двое его сыновей и внук, но военные неудачи 80‐х годов XIV века определили его дальнейшую судьбу. Раздираемое внутренними распрями, оно уже не могло всерьез претендовать на возвращение китайского престола. Где‐то после 1402 года (точная дата не известна) временно захвативший власть нойон (монгольский титул знатности) Гуйличи, не принадлежавший, как прежние ханы, к потомкам Чингисхана, отказался от названия Северная Юань, назвав свое государство Дадань.
Внутренние распри среди монгольских правящих верхов имели очень важные последствия для будущей судьбы Монголии. В 1399 году произошел раскол дотоле политически объединенных монгольских племен на западные и восточные. Их политическая история в дальнейшем потекла по различному руслу и сопровождалась взаимным противоборством. Китайские историки сообщают, что еще во время крушения династии Юань в Китае (точная дата не указана) монгольский военачальник Мункэ Тэмур объявил себя правителем западных монголов – ойратов, обитавших на территории Джунгарии (в провинции Синьцзян в современном Китае) и западных районов современной Монголии. После его смерти ойратские владения распались на три части. Окончательный же распад связывается с гибелью монгольского хана Эльбека – младшего сына Тогус Тэмура в 1399 году. Легенда утверждает, что здесь не обошлось без роковой женщины.
