Полная несостоятельность прежней антирелигиозной политики окончательно выявилась уже к началу 80-х годов. Вопреки массированному воздействию государственного атеизма изжить религию за семь десятилетий советского строя так и не удалось. Прогнозы идеологического ведомства о том, что в связи со сменой поколений в условиях атеистической пропаганды и утверждения «научного мировоззрения» будет происходить естественное отмирание религиозных институтов, также не оправдались.
Хотя в 70-е годы ушла из жизни большая часть представителей последнего поколения верующих, сформировавшегося до 1917 г., одновременно в религиозные общины приходило новое, более молодое и образованное поколение, которое в условиях дискредитации официальной коммунистической идеологии все более активно стремилось к обретению иных мировоззренческих ориентиров. В подобных условиях, несмотря на сохранение прежних идеологических установок, собственно антирелигиозные акции постепенно сходили на нет.
Этому благоприятствовали и внешнеполитические факторы, связанные с усилением политической активности Римско-католической церкви после избрания в 1978 г. краковского кардинала К. Войтылы Римским папой Иоанном-Павлом II, а также – с активизацией радикального ислама после победы в 1979 г. исламской революции в Иране. Данные события вынуждали советское руководство в ряде случаев оказывать поддержку традиционным отечественным религиозным объединениям и структурам, что создавало определенные возможности для их институционализации (1, с. 334–335). Так, в мае 1983 г. Русской православной церкви для устройства духовно-административного центра был передан комплекс древнейшего в Москве Свято-Данилова монастыря, основанного в 1282 г. (2, с. 123–124).
Однако принципиальные изменения религиозной политики в стране произошли уже во второй половине 1980-х годов в русле политического курса «перестройки». В качестве исходной точки процесса изменения религиозной политики обычно рассматривается встреча Генерального секретаря ЦК КПСС М. Горбачёва с Патриархом Московским и Всея Руси Пименом (Извековым) и другими церковными иерархами в апреле 1988 г. в преддверии празднования 1000-летия Крещения Руси, которое впервые было широко отмечено не только на церковном, но и на государственном уровне.
Примечательно, что вслед за этим в 1989 г. прошли торжества, связанные с памятными датами истории российского мусульманства: 1100-летием принятия ислама народами Поволжья и 200-летием Оренбургского Магометанского Духовного Собрания. Все это открыло путь процессу религиозной институционализации, затронувшей в первую очередь православие и ислам. Так, если в 1986 г. в СССР было открыто 10 православных храмов, в 1987 – 16, то в 1988 – уже 809, а в 1989–2039 (5). Число мечетей, действующих на территории СССР, в последние советские годы увеличилось с 402 в 1988 г. до 1602 в 1991 г. (4, с. 7).
Решающее значение в плане институционализации религиозных структур на территории Российской Федерации имел Закон «О свободе вероисповеданий», принятый Верховным Советом РСФСР 25 октября 1990 г. Данный законодательный акт, ликвидировав органы государственного политико-идеологического контроля над религиозной жизнью, фактически подвел черту под политикой атеистического диктата. Были сняты ограничения на религиозную деятельность, введена упрощенная процедура регистрации религиозных объединений, которые получили теперь статус юридического лица. Результатом стали стремительный рост числа религиозных объединений, укрепление позиций существовавших ранее и возникновение новых религиозных центров и структур.
За истекшие 20 лет общее число религиозных организаций, зарегистрированных на территории Российской Федерации, возросло в 3,4 раза (с 6650 – в 1990 г. до 22 507 – в 2009 г.). Особенно стремительный рост их числа (вдвое) был отмечен в течение первых пяти лет. В последующие годы его темпы несколько снизились, однако все равно оставались довольно высокими вплоть до 2005 г., после чего произошла определенная стабилизация.
Наиболее развитой институциональной структурой в России обладает Русская православная церковь: число ее религиозных организаций за рассматриваемый период возросло с 3442 до 12 435, или в 3,6 раза. С начала 1990-х годов имели место попытки создания параллельных церковных структур со стороны разного рода православных объединений, в разное время отколовшихся от Русской православной церкви. В основе церковных расколов, ставших причиной возникновения названных и других православных юрисдикций, пребывающих вне канонического общения с Русской православной церковью, как правило, лежали отнюдь не догматические и канонические, а политические и личностные факторы, в том числе связанные с личными амбициями отдельных представителей духовенства.
Вследствие этого, диссиденствующие структуры с самого начала были довольно немногочисленны