Однако уже месяц спустя, 20 августа 1918г., Фишера назначили адъютантом 1-го запасного авиабатальона, а затем 27 ноября перевели на аналогичную должность в 11-м запасном авиабатальоне, но там он задержался всего на две недели. Уже 15 декабря он занял должность адъютанта 401-го авиабатальона охраны границ, на которой и встретил конец Первой мировой войны. К этому времени лейтенант Фишер был награжден Железными Крестами 2-го и 1-го классов и орденом Орла 2-го класса.
С 25 сентября 1919 г. он служил адъютантом коменданта аэродрома Бриг. После поражения кайзеровской Германии и подписания унизительного для нее Версальского договора Фишер не оставил военную службу, как многие его товарищи. Но поскольку Германии отныне запрещалось иметь военную авиацию, он был вынужден вернуться обратно в армию. С 6 мая 1920 г. лейтенант Фишер служил в 8-й автотранспортной колонне в том же Бриге, а затем 1 октября был назначен командиром взвода в 16-м пехотном полку. С 1 января 1921 г. он служил в 7-м пехотном полку, занимая должности командира роты и офицера связи. 1 февраля 1922 г. он получил звание обер-лейтенанта, а 1 февраля 1928 г. – звание гауптмана.
31 марта 1928 г. Фишер оставил военную службу и вышел в отставку, которая фактически была фиктивной. По секретному договору между Германией и Советским Союзом на территории последнего велось тайное обучение немецких офицеров по различным специальностям. Так, в Липецке был построен учебный центр, где немцы проходили секретную летную подготовку. Для прикрытия все его курсанты, прибывавшие в Советский Союз под видом «туристов» или «технических специалистов», должны были быть гражданскими лицами. Для этого и требовалось формальное увольнение с военной службы. Фишер пробыл в Липецке с апреля 1928 г. по декабрь 1929 г. После возвращения в Германию он, естественно, сразу же вернулся на военную службу и был назначен командиром роты во 2-м пехотном полку.
После прихода к власти в Германии нацистов началось быстрое, пока еще по-прежнему тайное строительство новых Люфтваффе. Гауптман Фишер не мог остаться в стороне от этого процесса, и 1 апреля 1933 г. он был назначен офицером аэрофоторазведки в штаб 3-йдивизии. Затем 1 февраля 1934 г. его перевели на службу в Люфтваффе и назначили начальником отдела аэрофотографии в рейхсминистерстве авиации.
1 августа 1934 г. Фишер получил звание майора и спустя ровно два месяца возглавил только созданную в Хильдесхайме школу аэрофотосъемки (Flieger-Bildschule). Занимая эту должность, он разработал методику подготовки