19 июля кораблям пришлось отойти к эстонскому городку Муст-веэ, расположенному на северо-западном берегу озера. При этом из-за мелководья там к причалам смогли подойти только катера, все остальные же бросили якоря на рейде. 20 июля канонерские лодки «Нарва», «Эмбах» и «Исса» обстреливали прибрежное шоссе, на котором «наблюдалось оживленное движение автотранспорта противника». Проверить результаты стрельб не представлялось возможным. Другие корабли и катера в эти дни вели разведку побережья, занятого немцами, и доставляли оружие партизанам. Батальонный комиссар Караваев затем рассказывал: «Можно понять, как ценилась каждая возможность задержать продвижение противника хотя бы до того момента, пока к Луге и Кингисеппу будут выдвинуты наши войска, а на ближних подступах к Ленинграду не возведут оборонительные рубежи».
В это время Чудская военная флотилия фактически оказалась в тылу противника. Германское командование видимо обеспокоилось поступавшими от пехоты данными, что у берегов появляются какие-то уродливые корабли и палят по тыловым частям и обозам, мешают солдатам купаться. Поскольку создавать свою флотилию на озере немецкое командование не торопилось, то разделаться с русскими было поручено авиации.
Утром 22 июля над рейдом гавани Муствеэ появился самолет-разведчик, а чуть позднее три группы бомбардировщиков одна за другой атаковали корабли ЧВФ. Затем после 12.00 рейд бомбили и обстреливали шесть Bf-110F. В результате были потоплены две баржи с продовольствием, а все три канонерские лодки получили сильные повреждения. На «Иссе» и «Нарве» погибли все артиллерийские расчеты, а на «Эмбахе» полег весь комсостав. Еще на трех кораблях флотилии были убиты командиры и многие артиллеристы. По самолетам вели огонь из 45-мм пушек и винтовок, но эта пальба не причинила тем никакого вреда.
После завершения налетов командующий флотилией капитан 1-го ранга Н. Ю. Авраамов, не надеясь больше на свою слабую ПВО, приказал рассредоточить корабли в устьях речек, замаскировав их ветками и рыболовными сетями. В последующие дни налеты повторились. 23 июля были потоплены канонерская лодка «Нарва» и посыльное судно «Уку», на остальных были разбиты все палубные надстройки, повреждены рулевые устройства, борта пробиты десятками осколков. На «Иссе» после двух суток бомбардировок из 48 человек личного состава в строю остались всего семеро.
Продвижение германских войск и налеты авиации заставили командование флотилии принять решение о затоплении вспомогательных