1942 назначен зам. командира батальона 1-й гв. танковой бригады. В апреле принял командование 2-м танковым батальоном бригады и в составе 1-го танкового корпуса воевал на Брянском и Воронежском фронтах. В сентябре назначен командиром 17-го танкового полка (с 30.10.1943 – 69-й гв. танковый). Участвовал в Курской оборонительной, Белгородско-Харьковской наступательной операциях, в августе был ранен и эвакуирован в госпиталь, по выздоровлении вновь командовал прежним полком. В ходе Житомирско-Бердичевской операции отличился в боях за г. Казатин. Получив приказ, в ночь с 27 на 28 декабря совершил с полком ночной рейд по тылам противника от с. Вчерейша до Казатина и в 9.00 с ходу ворвался в город. Противник в панике бежал, оставив технику и склады. В дальнейшем он успешно отражал с полком контратаки врага, пытавшегося отбить город. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10.01.1944 ему было присвоено звание Героя Советского Союза. С 6 февраля 1944 допущен к и.д. командира 64-й гв. танковой бригады и в составе 1-й танковой армии отличился в Проскуровско-Черновицкой операции, при освобождении городов Новоселица и Черно-вицы. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26.4.1944 полковник И.Н. Бойко был удостоен второй медали «Золотая Звезда». В дальнейшем воевал с бригадой в составе 1-й гв. танковой армии на 1-м Украинском и 1-м Белорусском фронтах. Участвовал в Львовско-Сандомирской, Висло-Одерской, Варшавско-Познанской, Восточно- Померанской и Берлинской операциях. За умелое командование бригадой полковник И.Н. Бойко был награждён орд. Богдана Хмельницкого 2-й ст. (25.8.1944) и Суворова 2-й ст. (31.5.1945). После войны с сентября 1945 командовал 1-м гв. танковым полком в ГСОВГ. В ноябре 1948 назначен командиром 18-го танкового полка в КВО. С ноября 1952 служил в ДВО зам. командира по БТВ 137-го стрелкового корпуса, пом. командира 43-го стрелкового корпуса. В сентябре 1956 уволен в запас. Награждён 2 орд. Ленина, 3 орд. Красного Знамени, орд. Суворова 2-й ст., Богдана Хмельницкого 2-й ст., Отечественной войны 1-й ст., Красной Звезды, медалями, иностранными наградами.
