К концу XIX в. некоторые исследователи впервые поставили перед собой задачу не просто давать описание памятников или характеризовать различные архитектурные школы, а вырабатывать общий взгляд, по выражению В. В. Суслова, «на ход искусства, на его, так сказать, внутреннюю жизнь»[15]. Первым это попытался осуществить академик А. М. Павлинов в своем труде «История русской архитектуры» (М., 1894).
В этот период попытки объяснения особенностей памятников русской архитектуры привели некоторых ученых к созданию так называемой концепции заимствований, согласно которой русское храмовое зодчество (а в некоторых случаях и другие виды церковного искусства) рассматривалось как некий конгломерат заимствованных извне элементов. Такая точка зрения приводила к выводу о несамостоятельности и вторичности русской архитектуры. Одним из наиболее ярких приверженцев концепции заимствований был известный меценат и государственный деятель XIХ в. С. Г. Строганов.
Ответом на концепцию заимствований явилась теория самобытности русской архитектуры, наиболее полно сформулированная в трудах знаменитого русского археолога и историка, одного из создателей и первого руководителя Государственного исторического музея в Москве И. Е. Забелина, в частности в книге «Русское искусство. Черты самобытности в русском зодчестве» (М., 1900), оказавшейся наиболее содержательным и программным сочинением для науки о древнерусской архитектуре 2-й половины XIX в. Исследования И. Е. Забелина касались главным образом эпох Киевской Руси (Х – ХІІІ вв.) и становления Московского государства (XIV–XVII вв.). Само появление оценки русского храмового зодчества как исключительно самобытного архитектурного явления связано с именем директора Московского дворцового архитектурного училища, а впоследствии одного из энтузиастов-инициаторов появления в России первого архитектурного общества – Московского – М. Д. Быковским. Развивая взгляды М. Д. Быковского, И. Е. Забелин взял за основу своей концепции признание за народом самостоятельной роли в истории. Он видел большую роль традиций. Важным аргументом для доказательства самобытного характера древнерусской архитектуры И. Е. Забелин полагал тот факт, что формы каменной архитектуры Средневековой Руси являлись вторичными по отношению к деревянным. Он первым из исследователей усмотрел зависимость между формами зодчества и особенностями быта и общественного уклада, народной жизни, эстетических предпочтений и вкусов, а также природно-климатических и строительно-технических факторов, и это явилось новым словом в науке о русской архитектуре. Ускорение темпов развития историко-архитектурной науки сопровождалось ростом научного уровня исследований. К началу XX в. были проведены такие серьезные работы, как реставрация и восстановление первоначальных форм