На этом сообщении Сталин написал: «Запросить мнение т. Вышинского». Вышинский согласился с Ягодой и внес свое предложение: дела на террористов направлять в Военную коллегию только с санкции ЦК ВКП(б). После этих согласований Сталин поручил Ягоде и Вышинскому представить конкретный проект постановления ЦК по вопросу о репрессировании троцкистов.
Спустя несколько дней Ягода направил начальникам УНКВД очередную директиву. В ней вновь подчеркивалось, что основной задачей органов НКВД является немедленное выявление и полнейший разгром до конца всех троцкистских сил.
20 мая 1936 года Политбюро приняло постановление, полностью одобрив предложения Ягоды и Вышинского. В постановлении говорилось, что «ввиду непрекращающейся контрреволюционной активности троцкистов, находящихся в ссылке и исключенных из ВКП(б)», НКВД предложено направить в отдаленные концлагеря на срок от 3 до 5 лет троцкистов, находившихся в ссылке и режимных пунктах, и троцкистов, исключенных из ВКП(б), проявляющих враждебную активность и проживающих в Москве, Ленинграде, Киеве и других городах Советского Союза. Всех арестованных троцкистов, обвиняемых в терроре, предлагалось предать суду Военной коллегии Верховного суда с применением к ним в соответствии с законом от 1 декабря 1934 года высшей меры наказания. Этим же решением НКВД и Прокуратуре СССР предлагалось «представить список лиц, подлежащих суду по закону от 1 декабря 1934 года».
Исполняя решение Политбюро, Ягода и Вышинский представили на имя Сталина список на 82 участников контрреволюционной троцкистской организации, причастных к террору. В письме предлагалось вновь предать суду Зиновьева и Каменева, так как они изобличены не только как вдохновители, но и как организаторы террора.
К моменту составления этого списка в распоряжении органов НКВД имелись донесения агента и показания арестованного в Ленинграде зиновьевца Карева о связи троцкистов с зиновьевцами и о существовании объединенного троцкистско-зиновьевского центра.
Ягода и Вышинский, по-видимому, не веря в достоверность этих данных, в письме к Сталину не поставили вопроса о подпольном центре и предложили судить троцкистов-террористов согласно представленному списку. Вопросы о проведении единого судебного процесса над троцкистами-террористами и общего процесса над троцкистами и зиновьевцами в письме не ставились.
С этим предложением Сталин не согласился и дал указание разыскать «подлинный троцкистский центр».
Выполняя эти указания, Агранов уже 23 июня 1936 года, то есть на четвертый день после представления Сталину упомянутого списка на троцкистов-террористов, получил показания о существовании объединенного троцкистско-зиновьевского центра от арестованных бывших активных троцкистов – Дрейцера, секретного сотрудника НКВД, и Пикеля. Позднее путем применения незаконных методов следствия