7-е отделение (вузовское) обслуживало все военные академии и учебные заведения, за исключением Академии Генштаба;
8-е отделение (склады) обслуживало центральные, окружные и полевые склады РККА;
9-е отделение (осоавиахимовское) обслуживало всю систему Осоавиахима и начсостава запаса;
10-е отделение (войска НКВД);
11-е отделение (оргучет);
12-е отделение (мобилизационное).
К началу 1940-х годов структура ОО ГУГБ оставалась без существенных изменений. Однако в соответствии с постановлением ЦК ВКП(б) и СНК СССР от 8 февраля 1941 года особые органы были переданы в Наркомат обороны (НКО) и Наркомат Военно-морского флота (НК ВМФ), в составе которых создавались три управления. А в Наркомате внутренних дел контрразведка в пограничных и внутренних войсках возлагалась на 3-й отдел. Особый отдел ГУГБ НКВД ликвидировался. Почти одновременно (постановление ЦК ВКП(б) от 3 февраля 1941 года) из НКВД был выделен Наркомат госбезопасности (НКГБ). На новую структуру возлагались задачи по охране руководителей партии и правительства, ведение разведывательной работы за рубежом, борьба с подрывной, шпионской, диверсионной, террористической деятельностью иностранных разведок внутри Советского Союза, оперативная разработка и ликвидация «остатков всяких антисоветских партий и контрреволюционных формирований среди различных слоев населения СССР».
В соответствии с постановлением ЦК ВКП(б) и СНК СССР начальники трех управлений НКО и НК ВМФ подчинялись непосредственно наркомам трех отделов военных округов – начальнику 3-го управления НКО и наркому обороны, начальник 3-го отдела корпуса – начальнику 3-го отдела округа и командующему округом и т. д. Предписывалось также образовать Центральный совет для координации действий вновь образованных органов в составе наркомов внутренних дел и госбезопасности и начальников трех управлений НКО и НК ВМФ. Начальником 3-го управления НКО был назначен дивизионный комиссар (после февраля 1941 года сотрудникам 3-х управлений были присвоены звания политсостава РККА) А. Н. Михеев[9], а 3-го управления НК ВМФ – дивизионный комиссар А. И. Петров[10], бывший заместитель начальника 4-го отдела ГУГБ НКВД.
Курировать работу структуры, находящейся в стадии реорганизации, предстояло заместителю наркома НКВД Виктору Семеновичу Абакумову. Однако просуществовали три управления недолго. Документальных свидетельств об их деятельности до июня 1941 года не обнаружено, по-видимому, они реально не функционировали.
Между тем страна стояла на пороге тяжелых испытаний. Вдоль западных границ СССР сосредоточивались войска фашистской Германии. Из спецсообщения Разведывательного управления РККА № 6604477сс в ЦК ВКП(б), СНК, НКО и НКВД СССР от 5 мая 1941 года:
«Общее количество немецких войск против СССР на 5 мая достигает 103–107 дивизий, включая шесть дивизий, находящихся в районе Данциг и Познань. Из этого количества