Я.А. Пономарев совершенно определенно стоит на позиции выделения специфической психологической системы продуктивного сигнального взаимодействия субъекта с объектом (Пономарев, 1976; 1983). Психология, по его мнению, развивается на пути осознания себя в качестве абстрактно-аналитической фундаментальной науки о специфической форме движения материи. Предметом психологии является целостная психологическая система, в которой порождаются такие специфические новообразования как сознание и бессознательное, человеческая деятельность и, в частности, мышление (Васильев, 2006; 2009). При этом принципиально важным для Я.А. Пономарева является методологическое положение о наличии двух аспектов при подходе к психическому – гносеологическом и онтологическом. Психология как фундаментальная абстрактно-аналитическая наука стоит на позиции онтологического подхода и рассматривает процессы, происходящие в продуктивных сигнальных системах взаимодействия субъекта с объектом.
Исходя из этой методологической позиции, Я.А. Пономарев рассматривает мышление в конкретно-научном психологическом аспекте. Автор приходит к необходимости трактовать мышление, с одной стороны, как исходную, а, с другой стороны, как ведущую форму психической деятельности (Пономарев, 1967). Собственно мышление всегда творческое, а в нем самом выделяется элементарная форма и высшая форма. Оно является необходимой предпосылкой всякой другой психической деятельности. В реальной деятельности любой живой системы, в том числе и человека, мышление выполняет функцию организатора, т. е. порождает исполнителей, без которых само мышление лишено какой-либо действенности.
Рассмотрение мышления в конкретно-научном аспекте привело Я.А. Пономарева к дифференциации понятий «мышление» и «познание». Мышление выступило не как познание, а как его конкретно-научный психологический механизм, как творческая форма процесса взаимодействия субъекта с объектом. Трудность определения мышления заключается в том, что под понятием «мышление» скрывается многообразное содержание. Разные области знания раскрывают его разные стороны. Необходимо поэтому четко различать то значение, которое вкладывается в это понятие в теории познания, в логике и в конкретных науках, прежде всего, в психологии.
Психология подвергает анализу ту сторону мышления, от которой абстрагируются теория познания и логика. Согласно Я.А. Пономареву, мышление понимается в психологии как некоторая сторона конкретной познавательной деятельности отдельного человека. При этом мышление понимается как явление материальное, как часть самого бытия, как реальный процесс взаимодействия познающего субъекта с познаваемым объектом.
В школе Я.А. Пономарева понятию мышление придается иное значение, по сравнению с тем, что традиционно вкладывается в это понятие в психологии мышления.