Примечательно, что именно накануне трагических событий генерал-полицмейстер представил императрице на утверждение перечень экстренных мер на случай стихийного водного бедствия в столице и разработанных им сигналов оповещения населения в подобных ситуациях: «О производстве трех выстрелов из пушек при начале наводнения и поднятии на шпицах красного флага, а ночью – трех фонарей. А когда вода уйдет – на шпиц Адмиралтейства поднимать со всех четырех сторон по одному красному флагу». Однако этот указ запоздал и вовремя принят не был. Прибыв же после наводнения в Зимний дворец, Чичерин был холодно встречен императрицей, которая, в гневе обернувшись к генерал-полицмейстеру, язвительно промолвила: «Благодарствуй, Николай Иванович! По милости твоей погибло несколько тысяч моих добрых подданных!»
Прямо тут же, в императорском кабинете, с генералом случился удар. Полуживого Николая Ивановича отнесли домой. На следующий же день газеты публично обнародовали императорский указ о полной отставке «по болезни» опального генерал-полицмейстера.
Немного оправившись от сердечного приступа, Николай Иванович обратился за помощью к Потемкину, ибо тот знал его как храброго и исполнительного офицера. Светлейший князь Таврический, фаворит и ближайший помощник Екатерины II, Григорий Александрович добился у императрицы смягчения взыскания. Чичерина восстановили в должности сенатора, но с обязанностями генерал-полицмейстера он распрощался навсегда.
После отставки Н. И. Чичерина в опалу императрицы «за компанию» попадает и его брат – сибирский генерал-губернатор Денис Иванович Чичерин. Екатерина II, по воспоминаниям очевидцев, перестала замечать этого талантливого государственного деятеля, пекущегося о северных краях Российской империи, укрепляющего там влияние России и значимость ее северных границ. По его инициативе были приобретены для Российской империи Алеутские острова – архипелаг из 110 островов и множества скалистых участков на севере Тихого океана, служащих продолжением нынешнего североамериканского полуострова Аляска. Гряда этих островов в виде дуги длиной около 2400 км доходит почти до самой Камчатки, служит как бы соединительным мостом между Азией и Америкой и отделяет Берингово, или Камчатское, море от Тихого океана. Алеутские острова один за другим открыты во время второго путешествия Беринга в 1741 году. В 1785 году там появились первые русские военные укрепленные поселения по инициативе сибирского губернатора Д. И. Чичерина, фактически распространившего на Алеутские острова влияние Российской империи. Однако позже, по торговому сговору 30 марта 1867 года, Алеутские острова вместе