Епископ Игнатий (Брянчанинов). Портрет второй пол. XIX в.
В 1857–1897 гг. настоятелем монастыря был архимандрит Игнатий (Иван Васильевич Малышев, 1811–1898), духовный сын Игнатия Брянчанинова (с 1833 г. его келейник, по его настоянию был отправлен на учебу в Академию художеств), церковный художник и публицист. В 1842 г. И.В. Малышев был пострижен в мантию, в 1844 г. принял священный сан, поддерживал живших в «пустыне» двух его братьев. Он окончил кроме Духовной академии Императорскую академию художеств, написал для церкви Воскресения этой пустыни более 70 икон, при нем в пустыни возвели 50 зданий, жили 46 (1867 г.) – 50 монахов. Отец Игнатий (Малышев) в сотрудничестве с архитектором А.А. Парландом создал Воскресенский собор, или «Спас-на-Крови» в Петербурге; архимандрит Игнатий составил программу и эскиз собора.
В 1854–1859 гг. по проекту арх. А.М. Горностаева построили новый Сергиевский храм (освящен в 1860 г.), вмещавший 2 тыс. человек. Около алтаря этого сохранившегося храма находится могила А.М. Горностаева. В 1857 г. была построена церковь во имя Святителя Григория Богослова (арх. А.И. Штакеншнейдер); она сохранилась до наших дней, в 1994 г. ее вернули верующим. Были возведены въездные ворота с часовнями и братский корпус с надвратным храмом Св. Саввы Стратилата (заложен в 1859 г. по проекту Горностаева). В 1866 г. старую церковь во имя апостола Иакова перестроили и освятили как храм Воскресения Христова; именно для него Игнатий Малышев написал иконы (этот собор снесли в 1950–1967 гг.).
В конце XIX – начале ХХ в. при пустыни действовали церковно-приходская школа для 60 мальчиков, приют для малолетних мальчиков на 15 человек, богадельня для 15–20 престарелых