В основе педагогической системы Пирогова лежала глубокая любовь к человеку и человечеству, определяющая его доведенный до высшего напряжения идеализм.
Когда в 1861 году Порогов был уволен с должности попечителя, прогрессивная общественность Киева устроила ему торжественные проводы, Правительство дважды обращалось к Николаю Ивановичу с предложениями послужить на педагогическом поприще. Сначала новый министр народного просвещения А. В. Головнин предложил Н. И. Пирогову провести своеобразную ревизию постановки учебного процесса на медицинских факультетах российских университетов, с целью совершенствования этой деятельности. Но этот проект так и не был реализован. А вот другое предложение оказалось принятым. И оно знаменовало начало – «университетского» – периода развития философско-педагогической системы Н. И. Пирогова, охватывающего время с 1862 по 1866 годы.
Этот период был посвящен распространению идей и взглядов, наработанных мыслителем в предыдущий период преимущественно на сферу высшего образования. В марте 1862 года он был направлен в Германию руководителем группы молодых ученых «для исполнения разных трудов по учебной и педагогической части». Правительство сделало вид, что оно намерено использовать опыт Пирогова как педагога, и назначило его руководителем молодых людей, подготовлявшихся за границей к профессуре.
Главное поручение министра народного просвещения состояло «в руководстве и направлении молодых людей, готовящихся к профессорской деятельности». Своей резиденцией Пирогов выбрал Гейдельберг.
И здесь Н. И. Пирогов проявил свои способности и столь присущую ему ответственность. Он посетил свыше 20 европейских университетов, ознакомился с построением в них образовательного процесса. Умело направлял научную работу молодых ученых и поддерживал их стремления и начинания. Он часто повторял своим коллегам, что без лекций нет профессора, лекции препятствуют научному застою, они будоражат мысль, увлекают ее и обогащают. Н. И. Пирогов учил молодых профессоров постоянной активности в науке: ученый всегда должен стремиться к новому, к открытиям, к кипучей деятельности. Он говорил, что учиться надо по призванию, но даже окончив университет, необходимо постоянно совершенствовать свои знания. Его опыт и мудрость помогали им за границей, как никогда. Многие беседы Николая Ивановича, дополненные размышлениями о педагогической деятельности в германских и отечественных университетах, составили своеобразный цикл «Писем из Гейдельберга», проникнутых гуманизмом и свободомыслием, а также наблюдательностью по отношению к передовому преподаванию в Германии.
В организации