Nachdem der Vertrag am 17. Oktober 1803 vom Senat ratifiziert worden war, ging man als Nächstes daran, das neue Gebiet aufzuteilen, wobei das heutige Louisiana als Orleans-Territorium und der restliche Teil als District of Louisiana deklariert wurde. Ferner beschloss man, das neue Gebiet zu erforschen und auch in dieser Hinsicht war Jefferson seinen Mitmenschen einen Schritt voraus gewesen, denn bereits Anfang 1803 hatte er den Kongress um die Finanzierung einer Expedition in den Westen gebeten, wobei er es für ratsam gehalten hatte, einen schiffbaren Wasserweg zum Pazifik hin zu finden, die Region zu katalogisieren und die dort lebenden Indianerstämme zu studieren. Dieses Unternehmen, so schloss er weiter:
„(...) könnten intelligente Offiziere mit zehn oder zwölf ausgesuchten Männern meistern, um das Land bis zum westlichen Ozean hin zu erkunden.“
Die Kosten für solch eine transkontinentale Expedition veranschlagte er dabei auf gerade mal geringen 2.500 US-Dollar, wobei sich die tatsächlichen Kosten später auf die astronomisch hohe Summe von 38.722,25 Dollar belief, ohne dass man im Vorwege abzuschätzen vermochte, was sie am Ende für einen Nutzen bringen würde. Am 04. Juli 1803 machte Jefferson seinen Freund Meriwether Lewis zum Leiter seines „Corps of Discovery.“
Meriwether Lewis wurde am 18. August 1774 in der Ortschaft Ivy im Abermale County, Virginia als zweites Kind seiner Eltern William Lewis und Lucy Meriwether Lewis geboren. Im Alter von zehn Jahren zog die Familie nach Georgia, doch als Meriwether 13 Jahre alt geworden war, wurde er zurück nach Virginia geschickt, wo er von Privatlehrern unterrichtet wurde. Danach ging er zum Militär, wo er im August 1794 u. a. an der Unterdrückung der sogenannten „Whiskey-Rebellion“ beteiligt gewesen war, bei der die Siedler im Monongahela-Tal, im Westen Pennsylvanias gegen die Alkoholsteuer der Bundesregierung „zu Felde gezogen“ waren. Zudem führte mit George Washington zum einzigen Male ein Präsident persönlich Truppen im Feld an. Am Ende wurde alles unblutig beigelegt und Lewis wurde 1801 der Privatsekretär von Präsident Jefferson. Während dieser Zeit war er eng an der Planung und Vorbereitung der Forschungsexpedition beteiligt gewesen. So schickte Jefferson ihn nach Philadelphia, wo er in medizinischen Dingen, dem Zeichnen von Landkarten, im Umgang mit nautischen Geräten u. a. Fertigkeiten geschult wurde. In Pittsburg gab Lewis den Bau eines Kielbootes und zwei Pirogen in Auftrag und erwählte daneben William Clark als seinen gleichberechtigten Partner für die Dauer der Expedition.
William Clark wurde als neuntes von zehn Kindern seiner Eltern John Clark III und Ann Rogers Clark am 01. August 1770 in Ladysmith, Caroline County, Virginia geboren und ging, wie schon sein Bruder George vor ihm, zur Armee, wo er 1792 zum Leutnant ernannt worden war. Unter General Anthony Wayne (1745-1796) nahm er u. a. an der Schlacht von Fallen Timbers teil und auch Meriwether Lewis sollte eine Weile lang unter seinem Kommando dienen. 1796 verließ Clark die Armee und verbrachte die nachfolgende Zeit auf Reisen und auf seinem Anwesen in Louisville, Kentucky. Als Lewis ihn fragte, ob er ihn auf seiner Expedition begleiten wolle, stimmte er zu.
Bald begannen die Offiziere, geeignete Kandidaten für die Expedition zu mustern. Es wurden unverheiratete, gesunde, ausdauernde und stämmige Männer gesucht, die darüber hinaus auch gute Jäger waren. Neben den Soldaten wurden auch Zivilisten als Dolmetscher und Hilfskräfte angeheuert. Die spätere Begleitmannschaft der beiden Leutnants bestand am Ende schließlich aus 26 erfahrenen Grenzern, sowie Clarks schwarzen Diener Benjamin York, der die Reise zum Pazifik hin mitmachen durfte. Zu diesen Männern gesellten sich ferner noch 17 Soldaten, deren Aufgabe es war, die Disziplin an Bord der Boote aufrechtzuerhalten und eventuelle Gefahrensituationen abzuwehren. Als schließlich alle Vorbereitungen abgeschlossen waren, begann die lange Reise nach dem Westen. Mit einem 18 m langen Kielboot, das einen geringen Tiefgang besaß sowie zwei Pirogen, Vorräten, Geschenken und Handelswaren für die Indianer, auf die man unterwegs treffen würde, sowie bewaffnet mit dem neuesten Gewehr „Modell 1803“ verließ die Expedition am 14. Mai 1804 ihren Liegeplatz Camp Dubois (Camp Wood), nördlich von St. Louis in Illinois und segelte den Missouri River hinauf.
Laut den Tagebuchaufzeichnungen war die Fahrt den Fluss hinauf nicht immer einfach für die Teilnehmer gewesen. Der Sommer war extrem feucht und heiß in jenem Jahr gewesen, sodass Myriaden von Stechmücken den Fluss bevölkerten, die die Männer quälten und piesackten. Dunkle Gewitterwolken zogen auf und wahre Wolkenbrüche gingen auf die Männer hernieder, die trotzdem frohen Mutes gewesen waren. So oft es möglich gewesen war, ging Lewis an Land, wo er zu Fuß die Pflanzen und Tiere studierte, während Clark die Mannschaft auf den Booten kommandierte und Landkarten von dem Gebiet anfertigte. Am 25. Mai passierte die kleine Flottille die französische Niederlassung La Charette, die zu jener Zeit letzte Siedlung von Weißen am Missouri.
Am 21. Juli erreichte die Expedition den Zusammenfluss des Platte in den Missouri River und am 03. August kam es nahe der heutigen Stadt Council Bluffs in Iowa zu einer Konferenz mit den Stämmen der Missoura, Omaha und Oto, die von gegenseitiger Freundschaft geprägt gewesen war. Lewis und Clark erfuhren dabei auch, dass sie demnächst durch das Gebiet der Teton-Sioux fahren würden, eine Indianergruppe, die den Missouri River nach dem Westen hin überschritten hatte und die als kriegerisch und gefährlich einzustufen gewesen war. Die Omaha als auch andere am Missouri beheimatete Stämme waren von den Teton aus ihrem angestammten Land vertrieben worden und hegten von nun an eine erbitterte Feindschaft zu ihnen. Die beiden Leutnants nahmen diese wichtige Information dankbar zur Kenntnis und am Ende der Beratungen übergaben sie den versammelten Häuptlingen noch einige bronzene Medaillen, auf deren Vorderseite das Konterfei des Präsidenten und auf deren Rückseite die amerikanische Fahne zusammen mit einem Adler abgebildet gewesen waren. Danach schied man in Freundschaft und die Expedition begann weiter den Fluss hinaufzufahren. Am 20. August hatten die Männer ihren ersten Toten zu beklagen. Nicht etwa durch den Pfeil eines feindlich gesinnten Teton kam Sergeant Charles Floyd ums Leben, sondern der Grund seines irdischen Dahinscheidens war eine schlichte Blinddarmentzündung, die für ihn in der Wildnis am Ende tödlich endete. Er wurde von den Männern an Land gebracht und dort mit militärischen Ehren in fremder Erde beigesetzt. Um es vorweg zu nehmen, Sergeant Floyd sollte der einzige Tote der Expedition bleiben, was aufgrund der Dauer und der Beschwerlichkeit der Reise zum Pazifik und wieder zurück fast wie ein kleines Wunder anmuten sollte.
Am 04. September erreichten Lewis und Clark die Mündung des Rapid Water River im heutigen Nebraska in dessen Nähe das Volk der Ponca-Indianer beheimatet gewesen war. Ende September erreichte man das schon besagte Gebiet der Teton-Sioux und von diesem Zeitpunkt an herrschte eine erhöhte Wachsamkeit an Bord der Boote. Am 24. September gingen Lewis und Clark am Zusammenfluss des Teton- und Missouri Rivers vor Anker, um die Ankunft der Indianer entgegenzusehen, die die Flottille der Amerikaner bereits seit geraumer Zeit beobachtet hatten. Lange brauchten sie sich nicht in Geduld zu üben, denn bereits am nächsten Tag erschienen ca. 50 Sioux, angeführt von mehreren Häuptlingen und indianischen Würdenträgern am Liegeplatz. William Clark begrüßte die Häuptlinge, übergab ihnen einige der mitgeführten Geschenke und lud sie anschließend dazu ein, an Bord des Kielbootes zu kommen, um dort beiderseitige Verhandlungen bezüglich der Durchfahrtsrechte durch das Gebiet der Sioux zu führen. Allerdings verliefen diese Gespräche dann alles andere als erwünscht. Die Häuptlinge, allen voran Schwarzer Büffelstier (Tatanka Sapa) verhielten sich derart unkooperativ, dass Clark nach drei Stunden erst einmal genug von ihnen hatte und sie wieder zurück an Land bringen ließ. Dort angekommen, wollten die ihrerseits wütenden Sioux Clark nicht wieder zurück an Bord lassen, darüber hinaus forderte Black Buffalo auch noch eine der Pirogen samt Ladung als angemessenen Wegzoll, ein mehr als üppiger Preis, den Clark natürlich ablehnte. Schließlich drohte die brenzlige Situation zu eskalieren, wobei sich die Soldaten und die Sioux mit dem Säbel bzw. Pfeil und Bogen gegenüberstanden. Clark selber war die Ruhe selbst und ließ sich überhaupt nicht einschüchtern. Mit einem gezogenen Säbel in der Hand machte er den Sioux gegenüber