В настоящее время Крестовоздвиженская церковь Шуи пребывает в руинированном состоянии.
Спасская церковь с часовней. Спасская церковь впервые упоминается в 1629 г. Тогда она имела придел во имя свв. бессребренников Козьмы и Дамиана, освященный в память отдельной церкви, существовавшей в 1616 г.
В память чудесного избавления от моровой язвы, свирепствовавшей в Шуе с 1 сентября по 12 октября 1654 г., при Спасской церкви была построена часовня и в ней поставлен деревянный крест, выполненный по образцу Ново-Иерусалимского креста, из трех видов дерева – кипариса, кедра и можжевельника. Впоследствии крест погиб в пожаре.
В XVII в. при церкви существовал Спасский женский монастырь, в административной зависимости от Шуйского Троицкого мужского монастыря.
В этот монастырь, в конце царствования Петра I, были переведена инокини Борисоглебского монастыря. Спасский монастырь был упразднен в 1764 г.
Спасская церковь была перестроена в середине XIX в. Она выполнена в итальянском вкусе, с портиками, куполом и золоченым крестом, внутри имела превосходную роспись. Старожилы отмечали, что храм был похож на собор св. Петра в Риме и Исаакиевский собор в Петербурге. Церковь была освящена 6 июля 1847 г. настоятелем муромского Спасского монастыря, членом Владимирской духовной консистории архимандритом Иеронимом.
В начале 1930-х гг. Спасская церковь и часовня были взорваны.
Троицкая кладбищенская церковь. На шуйском городском кладбище располагалась Троицкая церковь. Она стояла в красивом месте, на берегу Тезы и в древности принадлежала Троицкому монастырю. Монастырь известен с середине XVI в., тогда он находился вблизи города и был окружен дремучими лесами. В 1628 г. впервые упоминается настоятель монастыря архимандрит Варнава. В иерархическом отношении Троицкие архимандриты зависели от архимандритов Шартомского монастыря, которые считались степенью выше. В 1629 г. в монастыре было две церкви: Троицкая с Казанским приделом и Успенская с приделами Иакова, брата Господня и Филарета Милостивого. В рукописном сказании о моровой язве под 1654 г. говорится, что Троицкий архимандрит с братиею сочувствовал и скорбел о несчастном городе, истребляемом страшною болезнью. В этом же монастыре принял иночество и был погребен и шуйский иконописец Герасим Тиханов, написавший чудотворную Смоленскую икону Божией Матери для Шуи. Монастырь был упразднен в 1764 г., Троицкая церковь обращена в приходскую, а место бывшего монастыря, как удаленное от городского центра, было отведено для городского кладбища.
В 1810 г. городской голова Иван Шилов обвел территорию кладбища каменной оградою с красивою часовнею на одном углу.
Усердием коммерции-советника Степана Ивановича Посылина, старый храм был заменен новым пятиглавым храмом. Освящен он был 3 июля 1829 г. Храм имел небольшой придел во имя Успения Божией Матери. Внутри был расписан известным художником Медведевым.
Рядом с Троицкой церковью