Средний этаж здания занимала домовая церковь евангелиста Иоанна Богослова. Она стала одной из лучших домовый церквей Воронежа. Храм был освящен в год окончания строительства епископом Епифанием. В 1847, 1896 и 1903 гг. церковь перестраивалась и расширялась. В начале XX в. она уже освящалась электричеством. В 1896 г., на средства старосты купца Матвея Ульяновича, стены храмы были одеты в искусственный мрамор. 7 сентября 1896 г. церковь была снова освящена ректором семинарии протоиереем Алексием Спасским.
Рядом с классами находились комнаты воспитанников и начальства, больница. Впоследствии семинарский корпус перестраивался. Посредине фасада, выступом, была устроена часовня в память спасения Александра II при покушении 4 апреля 1866 г.
В 1901–1910 гг. в Воронежской семинарии преподавал будущий епископ Кинешемский Василий (Преображенский), написавший в эти годы диссертацию «О скитском патерике», за которую ему была присуждена степень магистра богословия.
Среди воспитанников семинарии были известные люди. В соборе новомучеников и исповедников Российских были прославлены: Местоблюститель Патриаршего Престола митрополит Крутицкий святитель Петр (Полянский), протоиерей Митрофан Васильевич Серебрянский, Дмитрий Краснопольский, Николай Александрович Садовский, Тихон Иванович Архангельский.
В марте 1918 г., когда ректор семинарии архимандрит Серафим (Соболев) отбыл в четырехмесячный отпуск в Задонский монастырь, здание семинарии было занято красноармейскими частями, за исключением ректорской и инспекторской квартир и части классов второго этажа.
14 апреля 1918 г. произошло столкновение отряда красноармейцев с анархистами, засевшими в семинарии. По семинарии стреляла легкая пушка, снаряды попали в здание. Был поврежден фронтон, сбита люстра в церковном зале, разрушены окна внутренней церковной стены, разбиты окна в алтаре.
Уже в июле 1918 г. последнему ректору семинарии Тихону Олейникову стало известно, что здание семинарии реквизируется и вскоре будет занято «некоторыми правительственными организациями». Церковь Иоанна Богослова была закрыта вместе с учебным заведением в августе 1918 г. Возвратившийся в Воронеж архимандрит Серафим и часть богомольцев в жалобе облисполкому протестовали против выселения их, т. к. в семинарии имеется ценная библиотека с редкими книгами.
За зданием гимназии находилась земская больница с домовой церковью иконы Божией Матери «Знамение». Священник этого храма Георгий Снесарев стал одной из первых жертв большевистского террора. Он был замучен в 1919 г., ему нанесли шестьдесят три раны, сняли скальп, загоняли под ногти гвозди.
Покровский Девичий монастырь в Рабочем поселке. Покровский женский монастырь был основан тридцатью сестрами в 1623 г., напротив Адмиралтейства. Первая церковь монастыря была построена по благословению Патриарха Филарета Никитича. Известно, что из этого монастыря в Воронеж был взят колокол.