Прошло почти пятьсот лет, около 1620 г. в одном из холмов близ нынешнего пос. Чернянка некий инок Геласий основал пещерный монастырь и стал его настоятелем. Насельники жили и молились в меловых пещерах, архитектурно и планировочно напоминающих Киево-Печерские. В пещерах находились предельно аскетичные кельи, с кроватями и столами, вырубленными из мела.
В обители было два храма. В XVII в. был вырублен подземный храм во имя Святой Живоначальной Троицы. В 1650-х гг. был возведен Преображенский храм.
В 1650-х гг. был возведен Преображенский храм. Храм Живоначальной Троицы основан в XVII в. Он был однопрестольным, вырубленным тоже из мела. В 1757 г. была построена надвратная часовня.
В 1653 г. настоятель монастыря старец Ефрем получил жалованную грамоту на местную мельницу.
Монастырь просуществовал сто сорок четыре года и в 1764 г. был упразднен Указом императрицы Екатерины II. Вход в пещеры быт завален, богослужения в подземном храме не совершались. Монастырский Преображенский храм стал приходским. Шли годы, и даже жители с. Холки стали забывать место входа в подземный монастырь.
В 1830-х гг. пещеры и пещерная церковь были возобновлены иждивением князя А.Б. Голицына. Но по разным причинам монастырь не был открыт. Богомольцы продолжали посещать святое место, особенно почитая Казанскую икону Божией Матери. На торжества, ей посвященные, 8 июля и 22 октября в Холки стекалось большое количество паломников.
В середине 1970-х гг. интерес к пещерам проявили историки-краеведы. Руководством Чернянского района было принято решение о восстановлении пещер и открытии их в качестве историко-культурного музея. Частично отреставрированные холковские пещеры были открыты для посетителей в начале 1990-х гг. Восстановительные работы продолжались.
В 1995 г. по воскресеньям в подземном Свято-Троицком храме священнослужителями Чернянского округа начали совершаться богослужения. Холки стали посещать не только туристы, но и паломники. В 1996 г. на территории древнего Холковского монастыря епископом Белгородским и Старооскольским Иоанном были освящены три закладных камня на месте строительства двух храмов и часовни. Вначале был возведен надвратный храм в честь Преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских у входа в пещеры, затем Владимирская часовня. В 1996–1998 гг. был построен храм Донской иконы Божией Матери, освященный в декабре 1999 г. В 1998 г. на вершине холма где, предположительно в 1185 г. состоялась встреча братьев Игоря Святославича и Всеволода, епископом Белгородским и Старооскольским Иоанном была освящена часовня во имя св. равноапостольного князя Владимира. В 1999 г. было благословлено открытие Свято-Троицкого Холковского мужского монастыря.
Монастырь Игнатия Богоносца. В Валуйском районе Белгородской области есть и другая пещерная обитель – монастырь Игнатия Богоносца.
Возникновение его первых пещер относят аж к VI–VII вв., однако достоверно