Может быть, другого человека суровые испытания заставили бы изменить взгляды на жизнь, но с Петером этого не произошло. Более того, общение в заключении с профессиональными революционерами только укрепило его веру. Выйдя осенью 1909 году из тюрьмы, он тут же включается в нелегальную партийную работу. Под несколькими псевдонимами, среди которых и «Павел Иванович», он занимается агитационно-пропагандистской работой в Риге. В августе 1911 году – новый арест, ссылка на поселение в Иркутскую губернию, откуда весной 1914 году он бежал, использовав чужие документы на имя Яна Карловича Берзина. С тех пор за Петером Кюзисом закрепилось это имя, хотя иногда его называли и Павлом Ивановичем Берзиным.
Во время войны, в 1915 году, Ян призван в армию и вел партийную работу на Северо-Западном фронте. Спасаясь от преследования, он в 1916 году перебирается в Петроград, и устраивается на завод слесарем, продолжает революционную работу. В Октябрьские дни вместе с латышскими красными стрелками участвовал во взятии Зимнего дворца, входил в состав партийных комитетов Выборгского района и всего Петрограда. После Октября работал в ВЧК у Ф. Э. Дзержинского, участвовал в подавлении выступления эсеров в Москве, в разгроме мятежа в Ярославле. Затем работал в наркомате внутренних дел секретарем местного отдела управления делами, членом редколлегии «Вестника НКВД РСФСР».
В марте 1919 году он вернулся в ставшую советской Латвию на пост товарища наркома внутренних дел. Но здесь ему пришлось поработать лишь два месяца. Уже в мае Ригу захватили интервенты. А в июле начинается служба Берзина в Красной Армии.
Генерал-лейтенант А.И.Черепанов, немногим более месяца в июне-июле 1922 г. проработавший заведующим сектором 3-го отдела Разведупра (в перерыве между занятиями в Военной академии РККА), вспоминая гражданскую войну, писал: «После установления буржуазной диктатуры в Латвии вместе с нашим 13‑м Латышским стрелковым полком отходил рабочий Латвийский отряд, в составе которого был Ян Карлович Берзин (Кюзис Петерис). С ним я уже встречался перед началом нашего наступления… Отходили мы с тяжелыми боями, находясь в полуокружении. Мне приходилось в те трудные дни видеть Павла Ивановича, как его чаще всего называли, в разных ролях: и как командира, и как политработника, и как рядового бойца, и в каждом случае он действовал уверенно, убежденно и беззаветно храбро. Человек из когорты бесстрашных революционеров, Я. К. Берзин в конце июня 1919 г. был назначен начальником политотдела 11-й Петроградской стрелковой дивизии. Вскоре в бою за город Остров полк, которым я командовал (он стал теперь 97‑м стрелковым), был подчинен 11-й стрелковой дивизии. Ян Карлович уже в качестве начальника политотдела прибыл к нам и участвовал во встречном бою с наступающими частями генерала Юденича. Своей решимостью и отвагой он вносил в сердца бойцов уверенность в победе»2.
Затем Берзина переводят на должность начальника Особого отдела ЧК Армии Советской