В начале XVI в. династия Тимуридов была свергнута в Средней Азии узбеками-Шейбанидами, а в Иране – персами-Сефевидами. С этого времени областями Центральной Азии правят узбекские ханы из династии Шейбанидов (XVI в.) и Аштарханидов (XVII в.). Вряд ли Колумб, Васка де Гама и Магеллан могли представить, сколь трагичным образом окажутся их великие географические открытия на судьбе столь удаленной от Пиренейского полуострова страны, как Мавераннахр и Хорасан. А между тем переход европейской торговли с Индией и Юго-Восточной Азией на морские пути свел почти на нет роль транзитных караванных путей, пролегавших через ее обширные пространства. В XVI—XVII вв. Центральная Азия оказалась почти выключенной из международной экономической жизни, сохранив лишь тянувшуюся на северо-запад нить торговых связей с Россией. И эта изоляция определила все нарастающую ее отчужденность от окружающего мира и от того бурного хода истории, какой переживали в ту пору Европа и близкие к ней страны мусульманского Востока, например, Турция. А изнутри нарастающие междоусобия постепенно приводили в упадок сельское хозяйство и ирригацию, вызывали сокращение численности городов, уменьшение их размеров.
Однако спад экономики, неупорядоченность политической жизни далеко не всегда знаменует упадок культуры (напомним Венецию, которая подарила миру Тициана, Тинторетто, Веронезе). И если роль Центральной Азии в судьбах Среднего Востока в эту пору не была сколь-нибудь значительной, то творческий потенциал ее ещё не был исчерпан и давал новые всходы. Еще возводятся величественные здания гражданской и культовой архитектуры, на русских рынках ещё славятся местные ткани, ковры, чеканные изделия, ещё продолжается переписка художественно оформленных рукописей.
Большие достижения центральноазиатского зодчества XVI—XVII вв. связаны с созданием архитектурных ансамблей. Во многом, следуя принципам ансамблевой застройки эпохи Тимура и Тимуридов, зодчие Самарканда и, особенно, столичной Бухары, развивают далее приёмы градостроительного искусства. Лишь в начале XVIII в. созидательная деятельность в Центральной Азии почти прекращается. В XVIII в. регион охватывает всеобщий кризис – социальный, политический, экономический, и как следствие – упадку городов и сел, голод и чума, вторжение и грабежи кочевников. Лишь в конце столетия страна выходит из состояния спада, мучительно вступая в Новое время.
За время