Когда в 1751 году Великий князь узнал, что его дядя стал шведским королём, он обмолвился: «Затащили меня в эту проклятую Россию, где я должен считать себя государственным арестантом, тогда как если бы оставили меня на воле, то теперь я сидел бы на престоле цивилизованного народа».
Елизавета Петровна не допускала Петра к участию в решении политических вопросов и единственная должность, на которой он хоть как-то мог себя проявить, была должность директора Шляхетского корпуса. Между тем Великий князь открыто критиковал деятельность правительства, а во время Семилетней войны публично высказывал симпатии к прусскому королю Фридриху II. Больше того, Пётр тайно помогал своему кумиру Фридриху, передавая информацию о численности русских войск на театре военных действий.
Канцлер А. П. Бестужев-Рюмин объяснял маниакальную увлечённость наследника престола так: «Великого князя убедили, что Фридрих II его любит и отзывается с большим уважением; поэтому он думает, что как скоро он взойдёт на престол, то прусский король будет искать его дружбы и будет во всём помогать ему».
О вызывающем поведении Петра Фёдоровича было хорошо известно не только при дворе, но и в более широких слоях русского общества, где Великий князь не пользовался, ни авторитетом, ни популярностью. Вообще осуждение антипрусской и проавстрийской политики Пётр разделял с супругой, но выражал его гораздо более открыто и дерзко. Однако императрица, несмотря на всё возрастающую неприязнь к племяннику, многое ему прощала как сыну рано умершей любимой сестры.
После смерти императрицы Елизаветы Петровны 25 декабря 1761 года (5 января 1762 года по новому стилю) был провозглашён императором. Правил 186 дней. Не короновался.
В оценках деятельности Петра III обычно сталкиваются два различных подхода. Традиционный подход базируется на абсолютизации его пороков и слепом доверии к образу, которые создают мемуаристы – устроители переворота (Екатерина II, Е. Р. Дашкова). Его характеризуют как невежественного, слабоумного, акцентируют его нелюбовь к России. В последнее время сделаны попытки более объективно рассмотреть его личность и деятельность.
Отмечается, что Пётр III энергично занимался государственными делами («Уже с утра он был в своём рабочем кабинете, где заслушивал доклад, потом спешил в Сенат или коллегии. В Сенате за наиболее важные дела он брался сам энергично и напористо»). Его политика имела вполне последовательный характер; он, в подражание деду Петру I, предполагал провести серию реформ.
К числу важнейших дел Петра III относятся упразднение Тайной канцелярии (Канцелярия тайных розыскных дел; Манифест от 16 февраля 1762 года), начало процесса секуляризации церковных земель, поощрение торгово-промышленной деятельности