Precisamente fue en la Croacia habsbúrgica donde cuajaron tanto las ideas paneslavas como la nacionales exclusivistas, en parte derivadas de su condición de constituir un pueblo eminentemente católico. La región era considerada parte del reino de Hungría, a su vez integrado en el imperio austriaco. Ante las peticiones cada vez más exigentes de los croatas, relativas sobre todo al uso oficial de su lengua y al fin de la magiarización administrativa, en abril de 1848 el Parlamento revolucionario húngaro, empeñado en independizarse de Austria, adoptó severas limitaciones de su autonomía. El Sabor del pueblo croata (el antiguo Parlamento medieval, permitido al integrarse en el imperio austriaco) declaró entonces la separación de Hungría, abolió la servidumbre, proclamó la igualdad de todos los ciudadanos y eligió como virrey (ban) al coronel croata Josip Jelačić. Este llevó a cabo la invasión de Hungría, debilitando a las fuerzas de la revolución húngara dirigida por Lajos Kossuth, lo que permitió a los Habsburgo recuperar su poder en aquel país. Poco después, el emperador austriaco lograría imponer durante un tiempo un sistema de gobierno centralista tanto en Hungría como en Croacia.
El Sabor croata fue disuelto en 1861, y seis años después, con la división de la corona imperial en el llamado Imperio austro-húngaro o monarquía dual, germanos y magiares quedaron como naciones dominantes en la nueva entidad estatal. En 1868, Hungría aceptó la existencia de la Croacia panonia (o interior) como unidad política autónoma con lengua propia (el serbocroata) dentro de la corona, pero Austria siguió mandando directamente en Dalmacia, Istria y la Frontera Militar (la conocida como Krajina, habitada desde el siglo xvii por una nutrida colonia serbia, huida de la dominación otomana).
En Croacia, las corrientes políticas estaban, pues, divididas. Desde 1848 existía un paneslavismo tendente a la unificación nacional de los pueblos eslavos meridionales, cuyo principal representante era Josip Juraj Strossmayer (1815-1905), obispo de Đakovo. Strossmayer, promotor de la Universidad de Zagreb y experto lingüista, pese a su catolicismo aceptaba plenamente la igualdad y la legitimidad de la Iglesia ortodoxa serbia, lo que le llevó a enfrentarse con las autoridades austro-húngaras. Seguidor de esa misma tendencia, el sacerdote e historiador Franjo Rački, fallecido en 1894, fue presidente de una academia yugoslava fundada en 1867. Los impulsores de esta propuesta paneslavista eran en su mayoría miembros de la burguesía liberal, del clero católico y de los círculos intelectuales. Pero por otro lado estaban los pancroatas del Partido del Derecho, dirigidos por Ante Starčević y Eugen Kvaternik y apoyados por la pequeña burguesía. Su ideario se basaba en el proyecto de una Croacia libre y fuerte, que incluyera todas las tierras de Bosnia y se mantuviera separada de los serbios. Unas ideas que fueron apoyadas por el conde húngaro Károly Khuen-Héderváry, ban de Croacia entre 1883 y 1903, quien llegó a fomentar la lucha nacionalista entre serbios y croatas para mantenerlos así débiles y divididos.
La presencia de una destacada minoría serbia en el territorio oriental croata constituyó en este tiempo un elemento de conflicto. En 1867, tras el acuerdo austro-húngaro que integraba a la Croacia interior en la zona de dominación magiar, los serbios supieron llevarse bien con los indeseables señores húngaros, lo que les granjeó la antipatía de los propios croatas. No obstante, dentro del Sabor regional ya restaurado de Croacia surgiría una tendencia paneslavista que fue muy fuerte entre 1905 y 1914. Sus defensores fueron Frano Supilo y Ante Trumbić. También repercutió de forma contradictoria, en la relación entre ambos pueblos, la incorporación oficial de Bosnia y Herzegovina a los territorios austriacos en 1908 (aunque la dominación real se remontaba ya a 1878). Por una parte, se veía con desagrado que los serbios reclamaran para sí una región en la que vivía una importante minoría croata. Por otra, se anhelaba esa unidad paneslava que permitiera la creación de un Estado yugoslavo. Una alianza de líderes serbios y croatas adoptó la llamada Decisión de Rijeka, un programa de acción que ganó en las elecciones de 1906. Fue esta la tendencia que acabó imponiéndose durante la Primera Guerra Mundial, a pesar de que numerosos croatas defendieron la monarquía de los Habsburgo combatiendo en el frente italiano. La guerra significó para muchos una lucha entre hermanos serbios (independientes de los turcos desde hacía ya bastante tiempo) y croatas (que tuvieron que mostrarse teóricamente aliados de Turquía por pertenecer esta a las potencias centrales).
La reafirmación de Serbia
A su vez, aprovechando las revoluciones de 1848, los serbios del imperio austriaco proclamaron la provincia autónoma serbia conocida como Vojvodina serbia. Por una decisión del emperador Francisco José I de Habsburgo, en noviembre de 1849 se transformó Vojvodina en la provincia de la corona austriaca conocida como Vojvodina de Serbia y Tamiš Banat. Contra la voluntad de los serbios, esta provincia desapareció en 1860.
Una nueva guerra contra los turcos (1877), en la que participó Rusia, cada vez más implicada en el juego internacional antiotomano y paneslavo, condujo a la independencia definitiva para Serbia, así como a grandes ganancias territoriales hacia el sudeste incluyendo la ciudad de Niš. En dicha guerra, tropas serbias invadieron la provincia turca de Kosovo, provocando diversas matanzas y obligando a 160.000 albaneses musulmanes a abandonar sus territorios. Todo ello quedó reconocido internacionalmente en el tratado de Berlín de 1878, tratado en el que los turcos asimismo aceptaron la existencia de un reino en Montenegro y la ocupación austro-húngara de Bosnia y Herzegovina, considerada por los serbios una desgracia, por frenar sus intereses expansionistas en una región habitada por una destacada minoría ortodoxa.
En 1882 se proclamó el reino serbio con Milan Obrenović I, un descendiente del primer Miloš mencionado. En ese momento, millones de serbios vivían no obstante fuera del reino, bien en el ahora denominado Imperio austro-húngaro (Bosnia, Croacia, Vojvodina y el Sandžak, un antiguo distrito otomano con capital en Novi Pazar) y en el Imperio otomano (Serbia del sur, Kosovo, Macedonia). El nuevo país, como la mayor parte de las tierras balcánicas, dependía económicamente de la agricultura, con apenas industria o infraestructura moderna. La población había pasado de un millón de habitantes hacia 1800 a cerca de dos millones y medio un siglo después. Belgrado tenía entonces 100.000 pobladores.
La política interna giró en gran parte en torno a la rivalidad dinástica entre las familias Obrenović y Karađorđević, descendientes respectivamente de Miloš Obrenović (reconocido como príncipe heredero en 1829) y Karađorđe Petrović. Los Obrenović dirigieron el Estado emergente entre 1817 y 1842 y de nuevo entre 1858 y 1903, mientras que los Karađorđevići lo hicieron entre 1842 y 1858, y después de 1903. El tema dinástico se mezcló en parte con otras cuestiones diplomáticas más amplias de carácter internacional. Milan Obrenović alineó su política exterior con la de la vecina Austria-Hungría a cambio del apoyo de los Habsburgo para su coronación como rey. Los Karađorđević se inclinaron más hacia Rusia, consiguiendo el trono en junio de 1903 tras un sangriento golpe de mano dado por oficiales del ejército hostiles al dominio de los Habsburgo sobre los eslavos del sur. Alejandro I Obrenović fue entonces brutalmente asesinado junto a su esposa en su palacio de Belgrado, siendo sustituido por Pedro I Karađorđević.
La oposición serbia a la anexión por el Imperio austro-húngaro de Bosnia-Herzegovina (donde abundaba la población serbia y eslava en general) en octubre de 1908 condujo a una grave crisis europea. La presión alemana y austro-húngara forzó a Rusia para obligar a Serbia (31 de marzo de 1909) a aceptar la anexión, aunque comprometiéndose a defenderla de cualquier amenaza futura a su independencia.
A comienzos del siglo xx se produjeron en los Balcanes diversos acontecimientos de tinte nacionalista que aprovechaban la decadencia del Imperio otomano. Bulgaria se independizó de forma oficial en octubre de 1908, mientras que en agosto del año siguiente tenía lugar en Grecia un movimiento exitoso de oficiales que propició un gobierno militarista-reformista. Con esta coyuntura favorable, Serbia se unió a estos dos países y al vecino reino de Montenegro, poblado por serbios, para formar la Liga Balcánica e invadir Macedonia en octubre de 1912, reduciendo la Turquía europea a una pequeña región alrededor de Estambul. Fue la llamada Primera Guerra Balcánica, concluida en mayo de 1913. Aparte de aumentar los territorios de Serbia, tras esta contienda se reconoció la independencia de Albania, aunque una parte importante de población albanesa se mantuvo en Kosovo, provincia que quedó en manos