Осенью 1902 года Гапона познакомили с начальником Особого отдела Департамента полиции Сергеем Зубатовым. Зубатов занимался созданием подконтрольных полиции «рабочих союзов», и Гапону было предложено принять участие в этой работе, на что он дал согласие. Цель Зубатова состояла в том, чтобы созданием легальных рабочих организаций снизить влияние, оказываемое на рабочих революционной пропагандой. Зубатовым было основано «Общество взаимного вспомоществования рабочих механического производства».
В августе 1903 года Зубатов, из-за личной ссоры с министром внутренних дел Вячеславом Плеве, был отправлен в отставку и выслан из Петербурга. В это время «Петербургское Рабочее Общество» было крайне малочисленным и влачило жалкое существование. Осенью того же года Гапон взялся за воссоздание организации в соответствии со своими проповедями и идеями. Им был написан новый «Устав Общества» согласно которому весь контроль над деятельностью организации осуществлялся самим Гапоном.
15 февраля 1904 года новый «Устав Общества» был утверждён заместителем министра Петром Дурново. В результате, вплоть до января 1905 года, власти не интересовались, что происходит в стенах «Гапоновского Собрания», так как считалось оно не политическим, а рабочим обществом. События 9 января явились для них полной неожиданностью. Для социалистов-революционеров, эсеров, «события» были ожидаемы, и они готовили для них свой сценарий.
8 января 1905 года, Гапон был объявлен в розыск, так как полиция уже была в курсе, что произойдёт завтра.
Замысел Гапона состоял в том, чтобы объединить широкие рабочие массы и поднять их на борьбу за свои человеческие права, за свои экономические и политические интересы.
Гапон безусловно не проповедовал революционную идею освобождения рабочего класса, путём вооружённого восстания, поэтому подпольная партийная деятельность ему не требовалась. Он стремился создать легальную организацию рабочих по легальному плану, для улучшения их социального и материального положения. Гапон желал стать своего рода «апостолом пролетариата». Собрав в обществе несколько десятков, а, может быть, и сотен тысяч рабочих, можно было организовать такую пролетарскую армию, с которой правительству и заводчикам придётся считаться и будет возможность улучшить социальное положение рабочих. С весны 1904 года, по мере нарастания экономического кризиса, рабочие стали вступать в «Собрание» массами, и численность «Собрания» в короткое время возросла до нескольких тысяч.
По договорённости с «Союзом освобождения» в отделах «Собрания российских рабочих» стали распространяться либеральные газеты «Наша жизнь» и «Наши дни», «Сын отечества». Газеты читались на рабочих собраниях, а руководители