Страх перед восстаниями, особенно в Альпухаррас, не покидал христианских завоевателей, чему способствовала близость мавров из Северной Африки. Мавританская Испания и мавританская Северная Африка, так долго составлявшие единую цивилизацию, внезапно оказались искусственно разделенными. Опасаясь создания коалиции африканских и испанских мавров, не желавших признавать новые границы, Фердинанд и Изабелла постарались как можно лучше защитить их, построив вдоль побережья Андалусии сторожевые крепости и разместив там гарнизоны. Кроме того, они делали все возможное, чтобы склонить наиболее влиятельных мавров Гранады остаться жить в королевстве. Тем, кто желал уехать, оказывалась помощь, и осенью 1493 года злополучный Боабдиль с шестью тысячами мавров отбыл в Африку, где через несколько лет был убит в сражении. После этого в завоеванном эмирате осталось жить лишь очень небольшое число знатных мавританских семей, и тем, кто остался, дабы ублажить их, были даны должности в королевской администрации.
Вполне возможно, что Гранада оставалась бы мирным регионом, довольным своими новыми правителями, если бы не вопрос религии. Эрнандо де Талавера всегда скрупулезно соблюдал соглашение 1491 года, гарантировавшее маврам свободное отправление своей веры. Пораженный культурными достижениями мавров и упором, который они делали на благотворительность, он не применял и не симпатизировал политике насильственного обращения. Его идеалом была мягкая ассимиляция, от которой и испанцы, и мавры могли бы многое выиграть. «Мы должны перенять их благотворительную практику, а они нашу веру. Тогда к обращению их приведут проповеди и наставления, для чего требуется, чтобы христианские служители церкви учили арабский язык и пытались понять обычаи общества, вверенного нашим заботам».
Несмотря на то что в некоторых аспектах политика Талаверы давала замечательные результаты, она, к несчастью, столкнулась с сильной оппозицией его христианских коллег, которые считали, что обращение идет недостаточно быстро. Главным поборником силовой политики выступал архиепископ Толедо Сиснерос, приехавший в Гранаду с Фердинандом и Изабеллой в 1499 году. В слепом неведении этот фанатик оттеснил мягкого Талаверу и начал проводить политику массового насильственного крещения мавров. Вскоре его действия привели к предсказуемым результатам. Номинально тысячи мавров стали