После вторжения «царевича Дмитрия» во главе армии против самозванца были поставлены Фёдор Мстиславский и Дмитрий Шуйский. Сражение под Новгород-Северским они провели неудачно. Тогда царь Борис послал подкрепление во главе с князем Василием. Усилившаяся армия разбила самозванца под Добрыничами, но развить успех не смогла и застряла под Кромами. Незадолго перед кончиной Борис отозвал из-под Кром Мстиславского и братьев Шуйских, заменив их Басмановым. На пользу замена эта не пошла. После смерти Бориса часть войска под Кромами во главе с Басмановым перешла на сторону самозванца. У Шуйских были основания обижаться на Годуновых. Несмотря на лояльность, им не доверяли. Поэтому, когда гонцы самозванца возмутили москвичей, бояре во главе с Василием Шуйским уговаривали толпу разойтись, «но сердечного отношения отнюдь не чуялось в этой речи». Не удивительно, что мятежники ворвались в Кремль и взяли под стражу царя Фёдора и его мать.
Заговор Шуйского. Когда к «царю Дмитрию» в Серпухов поехали главные бояре, князь Василий остался дома. Этим он привлек внимание Басманова, ведавшего у самозванца сыском, и самого «Дмитрия». По приезде «Дмитрия» в Москву, к князю Василию пришло несколько видных купцов поздравить с царской милостью. Шуйский якобы ехал в карете вместе с государем. Выслушав поздравления, князь Василий откровенно сказал: «Чёрт это, а не настоящий царевич; вы сами знаете, что настоящего царевича Борис Годунов приказал убить. Не царевич это, а расстрига и изменник наш». Кто-то поспешил донести. Взяли слушавших воровские разговоры купцов – Фёдора Коня[66] и Костю Лекаря; их отвели в пыточную и они показали на Шуйского. Басманов доложил «Дмитрию» и тот приказал арестовать братьев Шуйских. Взяли и простых людей, их пытали, одни отпирались, другие на себя говорили, а двое «ростригу обличаху». Не теряя время их казнили, а над Шуйскими устроили суд. Дмитрий предоставил рассмотрение дела собору из духовенства, бояр и «ис простых людей». Сам он выступил как обвинитель и объявил, что Шуйские «подстерегали, как бы нас, заставши врасплох, в покое убить, на что имеются несомненные доводы».
Защитников у Шуйских не нашлось – «все на них кричаху». Василий, знавший как легко князья теряют головы, во всем повинился и лишь твердил: «Виноват я тебе… царь государь: всё это я говорил, но смилуйся надо мной, прости глупость мою!». Собор мольбы его не принял: Василия приговорили к смертной казни, а братьев – к ссылке. На другой день его отвели на казнь. Рассказы о героизме князя Василия, перед смертью обличавшего самозванца, скорее всего, выдумка. Немоевский пишет, что Шуйский пытался спасти жизнь. С плачем он восклицал: «От глупости выступил против пресветлейшего великого князя, истинного наследника и прирожденного государя своего!». Он умолял народ просить за него – пусть царь «помилует меня от казни, которую заслужил». С Василия сняли кафтан,