Так же как и в прошлую зимовку, П. К. Пахтусов организовал систематические метеорологические наблюдения. В период зимовки из-за сырости плавника многие члены экспедиции заболели, включая и самого Пахтусова, а четыре человека умерло.
Дождавшись относительного потепления, П. К. Пахтусов нанес на карту оба берега западного устья пролива. После этого он решил под своим руководством произвести опись всего пролива, а опись восточного берега Северного острова поручить А. К. Цивольке.
2 апреля обе группы покинули зимовку. Пройдя по льду пролива, они три дня отдыхали на мысе Дровяном, где П. К. Пахтусов проводил астрономические наблюдения.
8 апреля отряды достигли мыса Рок в восточном устье пролива. Здесь партии расстались. А. К. Циволька пошел на север вдоль восточного берега, а П. К. Пахтусов направился обратно по проливу с описью.
В ожидании отряда Цивольки П. К. Пахтусов задумал описать западный берег острова от пролива до Малой Кармакульской губы. Для поездки к Кармакульской губе решили построить небольшую шлюпку.
6 мая вернулся отряд А. К. Цивольки, при этом практически все участники оказались в очень плохом физическом состоянии, включая снежную слепоту. На планшете отряда была нанесена часть берега Северного острова от мыса Выходного. Пройдя от мыса Выходного к северу 150 км, А. К. Циволька дошел до большого полуострова, которому он присвоил имя своего любимого композитора фон Флотта.
Но выйти в море на шхуне для продолжения работ П. К. Пахтусов не мог, так как не хватало экипажа из-за умерших в период зимовки. Было решено готовить к плаванию «Казакова», одновременно заканчивая постройку шлюпки.
30 июня лед из пролива Маточкин Шар вынесло в море. На другой день П. К. Пахтусов с А. К. Циволькой на карбасе и шлюпке вышли в Баренцево море. На зимовке остался фельдшер Чупов с тремя матросами, из которых двое хворали.
После выхода в море П. К. Пахтусов сразу направился в губу Серебрянку, где предыдущая встреченная группа промышленников видела останки судна, похожего на «Енисей». В самой губе и в соседних заливах были найдены многочисленные обломки шхуны «Енисей». По-видимому, командир «Енисея» лейтенант В. А. Кротов по ошибке принял губу Серебрянка за западный вход в пролив Маточкин Шар, ввел в нее шхуну, которая в период шторма разбилась о прибрежные камни. С учетом того, что к этому времени прошло уже почти два года с момента исчезновения