1 апреля 1920 года на Лукояновское викариатство Нижегородской епархии был назначен епископ Поликарп (Тихонравов), который сразу же сблизился с Василием Гундяевым и сделал его своим доверенным лицом. В июне 1920 года епископ Поликарп созвал съезд духовенства и мирян Лукояновско-Сергачского епископского округа, на котором в качестве делегатов присутствовали братья Григорий и Василий Гундяевы. На съезде было решено образовать «Союз приходов» Лукояновско-Сергачской епархии, среди учредителей этого союза был Григорий Гундяев. Другим своим постановлением съезд учредил в Лукоянове отделение миссионерского братства Святого Креста, в состав совета братства вошел Василий Гундяев. Тогда же он вошел и в группу миссионеров-проповедников для полемики с сектантами, многочисленными в этой части епархии.
В декабре 1920 года на очередном съезде Лукояновско-Сергачской епископии В. С. Гундяев был выбран в епископский совет. В 1922 году в связи с активной деятельностью сторонников обновленчества епископ Поликарп благословил публичные диспуты, а также создание братства Святой Софии, которое возглавил Василий Гундяев[7]. В начале 20-х годов он подвергался арестам, о чем можно судить по материалам его допросов в 1928–1929 годах. Василий говорил, что, «испытав на себе нужду при аресте в прежние годы», решил «создать “Братство” для облегчения участи арестованных за церковное дело»[8].
Активная церковная деятельность Василия Гундяева, противостояние обновленчеству, защита храмов от закрытия, поездка в Москву за поддержкой к М. И. Калинину вызвали недовольство властей.
Вспоминает Патриарх Кирилл: «Судьба деда была драматична… В 20–30-е годы боролся против обновленчества, был близок к Патриарху Сергию в бытность его митрополитом Нижегородским. От него он получал личные указания, как нужно бороться с обновленчеством, и его борьба была достаточно эффективной. Вместе со своим двоюродным братом они открыли свечную мастерскую, и когда приезжали за свечами старосты обновленческих храмов, то мой дед уговаривал их вернуться в Церковь, уйти из раскола. А если старосты были уж очень упорны в своих раскольнических убеждениях, он просто не давал им свечи. В результате такой политики кнута и пряника за несколько месяцев большинство приходов Лукояновского уезда, в котором жил мой дед, вернулось в Православную Церковь. В моем личном архиве хранятся копии статей из местной прессы, в которой была поднята целая кампания против деда. Он обвинялся в разжигании религиозного фанатизма»[9].
15 ноября 1928 года Василий Гундяев был арестован, 4 марта следующего года осужден на 5 лет лагерей. В мае 1929 года он был этапирован в Соловецкий лагерь.
«Соловецкий лагерь особого назначения» был создан декретом Совета народных комиссаров в 1923 году на территории Соловецкого архипелага. Древняя обитель, основанная преподобными Зосимой и Савватием Соловецкими, превратилась в одно из отделений ГУЛАГа, покрывшего колючей проволокой всю Россию. К концу 1930 года