Митрополит Никодим с уважением относился к старообрядчеству и был инициатором отмены клятв московских Соборов 1656 и 1667 годов на старые обряды. Это событие совершилось на Поместном Соборе Русской Православной Церкви 1971 года и положило начало диалогу со старообрядчеством, продолжающемуся по сей день.
Заслугой митрополита является восстановление монашеской жизни в русских обителях Святой Горы Афон. Впервые он посетил Афон в начале 1959 года, в бытность свою архимандритом и начальником Русской Духовной Миссии в Иерусалиме. По возвращении в Москву он представил Патриарху Алексию I подробный доклад с предложениями по укреплению Пантелеимонова монастыря, находившегося на грани закрытия (в монастыре оставалось лишь несколько престарелых иноков). В 1962 году Владыка Никодим, уже будучи архиепископом Ярославским и Ростовским, вторично посетил Афон, после чего в памятной записке рекомендовал «безотлагательно осуществить подбор монахов, как минимум десять человек, с целью пополнения русского монастыря и скитов». В течение нескольких последующих лет Московский Патриархат вел интенсивные переговоры с Константинополем относительно возможности направления на Афон русских монахов. Наконец, в 1966 году, после длительного ожидания, в Свято-Пантелеимонов монастырь были направлены четыре инока. В феврале 1970 года на Афон смогли выехать еще два инока, после чего направление русских иноков на Афон приобрело некоторую регулярность. Осуществлялось оно через ОВЦС. В 60-е и 70-е годы основным действующим лицом в переговорах с Константинополем и правительством Греции о судьбе русского монашества на Афоне оставался Председатель ОВЦС.
Свято-Пантелеимонов монастырь, Афон
Митрополит Никодим уделял особое внимание духовному образованию и воспитанию юношества. Он принимал деятельное участие в судьбе Ленинградских духовных школ, лично знал всех преподавателей и студентов. Вспоминает митрополит Лев: «В начале учебного года митрополит обязательно встречался с поступившими и вручал каждому экземпляр ценного тогда брюссельского издания Нового Завета. В процессе обучения каждый воспитанник семинарии и академии имели возможность не единожды лично пообщаться с митрополитом. Каждого он знал по имени, по фамилии, знал его домашние проблемы. Уже тогда Владыка был болен,