Государственный указ о запрете мореплавания нарушали промысловики и местная власть. В 1626—1630 гг. мангазейским воеводой Григорием Кокаревым был нарушен этот указ. Безнаказанность и бесконтрольность всех воевод в Сибири вела к злоупотреблениям. Кокарев начал набивать свой карман. Он присваивал себе весь ясак, нарушал торговые сделки, брал взятки, устраивал пирушки с получением подарков. Стрельцы, видя беззаконие, так же пускались во все тяжкие. Такие порядки были у всех воевод. Но он посягнул на промыслы поморов. Из-за хищнического промысла поголовье пушных зверей в округе начало сокращаться. Григорий Кокарев ощутил это на своих доходах. Он стал искать новые угодья с пушным зверем, попытался морским путем пройти на Енисей.
Поморы посчитали это посягательством на их монополию. Они направили в Москву Ерофея Хабарова с письмом о злоупотреблении воеводы. Приписав, что воевода хочет передать немцам морской путь в Сибирь и сдать им Мангазею. Москва среагировала на донос. Было приказано второму воеводе в Мангазее Палицыну арестовать в Кокарева и препроводить в Москву. Кокарева поддержали казаки. Он заперся в Мангазейском кремле, обстрелял посадскую часть города. Но посадские и туруханские казаки взяли штурмом крепость. Кокарева отправили в кандалах в Москву.
Мангазея просуществовала чуть более семидесяти лет. Город пережил славу неслыханного богатства и горечь полного запустения. Пушной промысел иссяк. Закрытие Северного морского пути подорвало экономику города. Мангазея пришла в упадок. Люди, привыкшие к этому месту, не желали переезжать. С трудом остатки гарнизона переселили в Туруханское зимовье, на Енисей, где 12 июня 1672 года была торжественно заложена Новая Мангазея, ставшая позже городом Туруханском. А старый город зарос лесом, сровнялся с землей и забылся.
Присоединение территорий Сибири к России шло мирным путём. Добровольное подчинение власти царя происходило тогда, когда властная элита (князьки, шаманы) определенного народа хотела закрепить за собой властный статус (привилегии) над своим народом. Также племена хотели оградить себя от конфликтов с соседями или другими князьками. Какая-то часть народа, его территориальная группа, помогала русским, уговаривала других сородичей и соседних народов прекратить сопротивление. В традиции и верования местного населения русская администрация не вмешивалась. Кодскими хантами, томскими татарами, енисейскими кетами, предбайкальскими эвенками, забайкальскими бурятами царская власть была признана добровольно. Не сразу народ при первых контактах с русскими признавал власть царя.