Скоро все приближенные к государю особы приехали к нему в Троицкий монастырь, откуда послал он в Москву указ к своим боярам и иностранцам быть немедленно к нему с их полками. 10-го явились к Петру Стремянного полка полковник Цыклер и пятисотный Ларион Ульфов, да пятидесятник Ипат Ульфов, да с ними пять стрельцов с доносом на Щегловитого.
Царевна, притворясь ужаснувшейся новому мятежу, втайне, однако ж, старалась разжечь оный через Щегловитого. Она именем царя Иоанна не допустила исполнить требования Петра, приславшего к Иоанну стольника Ивана Велико-Гагина, чтоб позволил царь Иоанн быть изо всех полков выборным стрельцам; так и от себя Петр посылал в стрелецкие полки свой государев указ, чтоб были к нему выборные для подлинного розыску, и с ними полковники такожде и гостям и гостиной сотни посадским людям и чернослободцам («Поденная записка»). Царь Иоанн (говорит венецианский историк) дал указ под смертною казнию не отлучаться из Москвы. Мятежа, однако ж, не было. Царевна, видя, что приверженцы Петра час от часу становятся сильнее, прибегнула к посредничеству тетки своей царевны Татьяны Михайловны и сестер своих царевен Марфы и Марии, дабы примириться с Петром. Они прибыли к Троице и пали к стопам государевым, повторяя затверженное оправдание. Петр, их выслушав, стал доказывать преступление правительницы. Царевна Татьяна осталась с ним в монастыре, а другие две царевны, возвратясь к правительнице, объявили о неудаче своего посредничества.
София прибегнула к патриарху; старец отправился к Троице. Но Петр не только его не послушал, но и дал ему знать, что сам он должен быть лишен своего сана и на место его уже назначен архимандрит Сильвестр. Патриарх задержан был в монастыре. Царевна в ужасе поехала сама, в сопровождении знатных особ, держа в руках икону спасителеву. Но Петр, узнав, что она остановилась в селе Воздвиженском, послал к ней стольника Ивана Ивановича Бутурлина сказать, что в монастырь ее не впустят и чтоб она поехала назад. Царевна упорствовала, говоря, что она непременно хочет увидеть своего брата. Петр послал ей князя Ивана Борисовича Троекурова с последним словом, что буде она не повинуется, то поступлено будет с нею нечестно. Царевна в отчаянии возвратилась в Москву.
Петр вторично писал брату своему о присылке к нему выборных, а им послал опять указ, и 5 сентября все прибыли в монастырь. Петр вышел пред них на крыльцо с царицей Натальей Кириловной, с теткою царевной Татьяной и с патриархом и приказал вслух читать доносы стрелецкие о злодейских умыслах Щегловитого и главных его соучастников: полковника Семена Резанова и выборных стрельцов Обросима и Никиты Гладковых, Козьмы Черного и друг. По прочтении, все предстоящие приговорили казнить осужденных.
Петр