Население каждого муниципального образования получило право в случае создания вновь образованного муниципального образования определить структуру органов местного самоуправления на местном референдуме (в муниципальном образовании с численностью жителей, обладающих избирательным правом, не более 100 человек на сходе граждан). Для реализации этого права необходимо, чтобы в течение одного месяца со дня вступления в силу закона субъекта Российской Федерации об установлении границ муниципального образования с инициативой о проведении местного референдума выступила группа жителей муниципального образования и собрала подписи граждан, обладающих избирательным правом, в количестве не менее 3 процентов от их общей численности, а затем представила подписные листы в избирательную комиссию субъекта Российской Федерации (соответствующие процедуры предусмотрены в законе каждого субъекта Российской Федерации о местном референдуме). Принятие населением решения о структуре органов местного самоуправления включает, во-первых, установление перечня и наименований органов местного самоуправления, и, во-вторых, закрепление порядка избрания и полномочий главы муниципального образования.
Представительный орган местного самоуправления (после его формирования) обязан будет закрепить данную структуру в уставе муниципального образования. Изменить эту структуру Федеральный закон разрешает (в рамках процедуры внесения изменений в устав муниципального образования), но вступить в силу такие изменения могут не раньше, чем истекут полномочия представительного органа местного самоуправления, их принявшего. Данное правило (касающееся невозможности поменять структуру муниципальной власти под действующий кадровый состав), следует отметить, распространяется на все случаи изменения структуры органов местного самоуправления.
Еще одна важная особенность, касающаяся структуры органов местного самоуправления, связана с порядком формирования представительных органов местного самоуправления муниципальных образований, образованных по территориальному принципу, т. е. муниципальных районов и муниципальных образований нового типа – городских округов с внутригородским делением, объединяющих не так давно «вернувшиеся» в систему территориальной организации местной власти внутригородские районы (которые с 27 мая 2014 года по решению субъектов Российской Федерации снова могут создаваться).
Действующий Федеральный