Однако иллюзии некоторых эмигрантов по поводу возможности примирения с советской властью быстро рассеялись. Советская власть хотела не примирения, а капитуляции эмиграции, а основное условие «примирения», сформулированное Маклаковым в статье «Советская власть и эмиграция» (май 1945 года) – «соблюдение прав человека», – по-прежнему было для коммунистического режима неприемлемым. После оккупации Советской армией ряда стран Восточной и Юго-Восточной Европы и Маньчжурии советскими спецслужбами были проведены аресты и депортации эмигрантов. Были вывезены в Москву и казнены Краснов, Шкуро, Г. М. Семенов, бывший министр финансов колчаковского правительства И. А. Михайлов и др. Был депортирован в СССР и умер в 1945 году в заключении наиболее заметный харбинский поэт А. И. Несмелов. Однако репрессии коснулись не только тех, кто принимал участие в вооруженной борьбе против советской власти или сотрудничал с нацистами или японской администрацией. В Чехословакии были арестованы, в частности, литературовед А. Л. Бем (погиб в заключении), престарелый кн. Петр Д. Долгоруков, С. П. Постников, депортированные в СССР и приговоренные к различным срокам заключения, в Югославии – В. В. Шульгин, осужденный на 25-летнее заключение, и др.
В годы войны центром интеллектуальной и культурной жизни российской диаспоры стали США. В 1942 году в Нью-Йорке Алдановым и М. О. Цетлиным был основан «Новый журнал» (ред. в 1946–1959 годах М. М. Карпович, в 1959–1986 годах соредактором или главным редактором был Р. Б. Гуль), сменивший «Современные записки» в роли наиболее популярного «толстого» литературно-политического журнала Русского зарубежья (издается до настоящего времени), здесь же выходили литературно-художественный журнал «Новоселье» (1942–1950 годы, с 1948 года в Париже, ред. С. Ю. Прегель) и меньшевистский «Социалистический вестник».
14 июня 1946 года вышел Указ Президиума Верховного Совета СССР, предоставлявший определенной части эмигрантов права получения советского гражданства. Во Франции около 11 тыс. чел. воспользовались этим правом, около 2 тыс. из них вернулись на родину. Довольно много эмигрантов вернулось из Китая, были случаи возвращения и из некоторых других стран. В СССР эмигрантам, как правило, назначалось определенное место жительства, некоторые из них были репрессированы (И. А. Кривошеин и др.). В то же время некоторые эмигранты, особенно отличившиеся своими просоветскими симпатиями, были депортированы из Франции в Восточную Германию, а затем перебрались в СССР (Кривошеин, Л. Д. Любимов, Д. М. Одинец и др.).
В результате Второй мировой войны за рубежом осталось несколько сот тысяч советских граждан (военнопленных, уехавших или насильственно вывезенных на работы, покинувших СССР по идейным соображениям или из страха