Основной целью второй фазы является разрешение фобии травматических воспоминаний, в результате чего исчезает мотив сохранения внутренних разделений структурной диссоциации. Эта фаза терапии обычно требует более высокого психического уровня, чем тот, с которым пациент приходит в терапию. Тщательное планирование хода и темпа терапии, включая регуляцию гипер-и гиповозбуждения, является ключевым для достижения успеха. Проработка травматических воспоминаний и связанных с ними эмоций и убеждений является в высшей степени сложной и тонкой частью терапии (см. главу 16).
Другие фобии, прорабатывающиеся на этой фазе, связаны с ненадежной привязанностью к насильнику/ам. Пациенты одновременно сильно привязаны к близкому человеку, совершавшему акты насилия по отношению к пациенту, и в то же время стремятся избегать его. Эта ключевая дилемма сближения—избегания должна быть разрешена. Разные части личности могут иметь противоположные и часто нереалистичные представления о насильнике (например, «Он знает все мои мысли, он накажет меня за них», «Он все делает правильно»). Эти противоречия должны быть очень осторожно исследованы и проработаны в ходе терапии. В конечном счете, пациент приходит к переживанию горя утраты своей мечты об идеальной семье и учится ценить то, что предлагает ему в жизни роль независимого взрослого человека.
Не всегда обращение к третьей фазе терапии происходит строго после полной проработки и интеграции травматических воспоминаний. Однако вторая фаза необходима, так как проработка незавершенного переживания травмы помогает поднять общий психический уровень пациента