Северо-Западного фронта он предложил авиации и зимой летать на колёсах, без лыж, которые снижали манёвренность машин. 11 апреля 1942 г. А.А. Новиков стал командующим ВВС Красной армии, а еще через две недели, 26 апреля, – заместителем наркома обороны по авиации. В этих должностях он находился до конца Великой Отечественной войны. Назначение Александра Александровича состоялось в разгар организационных преобразований в Военно-воздушных силах. Полным ходом шло формирование ударных авиационных групп. Части и соединения дальнебомбардировочной авиации были реорганизованы в авиацию дальнего действия во главе с генерал-майором авиации А.Е. Головановым. Одновременно началась перестройка организационной структуры центрального аппарата ВВС. Почти все отделы штаба были развёрнуты в управления, которые возглавили наиболее подготовленные генералы и командиры, проявившие себя в трудном начальном периоде войны. Создание новых управлений и служб позволило расширить функции штаба в вопросах оперативного использования авиации и руководства штабами ВВС фронтов. А.А. Новиков постоянно анализировал состояние дел на фронтах и все больше убеждался в том, что распыление авиации по общевойсковым армиям не отвечало основным принципам централизованного управления и массированного применения авиации в масштабе фронта, не обеспечивало достижения высокой результативности её боевых действий. По предложению Александра Александровича с мая 1942 г. на базе ВВС фронтов и общевойсковых армий начали создаваться воздушные армии, а чуть позже авиационные корпуса и авиационные дивизии Резерва Верховного Главнокомандования. Эта коренная перестройка авиационной структуры ВВС имела большое значение: она позволила централизованно управлять всеми силами авиации, решать не только оперативно-тактические, но и стратегические задачи. Новая организационная структура ВВС стала одним из важнейших факторов завоевания советскими ВВС полного господства в воздухе, а затем и победы в воздушной войне. В годы Великой Отечественной войны являлся представителем Ставки Верховного Главнокомандования. В этой должности он проявил себя не только как выдающийся военачальник, полководец, но и как смелый новатор, теоретик в вопросах боевого использования авиации, её тесного взаимодействия с наземными войсками. А.А. Новиков был организатором воздушной блокады окружённой группировки войск противника под Сталинградом (декабрь 1942 г. – февраль 1943 г.). Координировал боевые действия авиации нескольких фронтов по уничтожению авиации противника в воздушных сражениях на Кубани (весна 1943 г.), на Курской дуге (5 июля – 23 августа 1943 г.), участвовал в операциях по освобождению Смоленска и Смоленщины (сентябрь 1943 г.), Правобережной Украины (весна 1944 г.), Карельского перешейка и Выборга (лето 1944 г.), Белоруссии (июль – сентябрь 1944 г.), ликвидации вражеской группировки в Восточной Пруссии и штурме Кенигсберга и Берлина (весна 1945 г.), а затем и в войне с Японией. В ходе боевых действий на Дальнем
